璐璐 发表于 2014-9-19 17:51:16

amber连续多步下的能量计算

一般情况下用amber计算结合自由能都是算的几ns的平均能量，现想了解下整个MD过程中的能量变化，请教怎么计算呢？下面是能量图：

墨竹晓风 发表于 2014-9-21 11:05:23

整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量，还是配体-受体相互能量？

璐璐 发表于 2014-9-22 09:15:28

墨竹晓风 发表于 2014-9-21 11:05
整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量，还是配体-受体相互能量？

C:\Users\hp\Desktop\1.jpb

璐璐 发表于 2014-9-22 09:17:17

墨竹晓风 发表于 2014-9-21 11:05
整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量，还是配体-受体相互能量？

deltaG(bind)=deltaG(complex)-deltaG(protein)-deltaG(ligand)

墨竹晓风 发表于 2014-9-22 10:51:25

璐璐 发表于 2014-9-22 09:17
deltaG(bind)=deltaG(complex)-deltaG(protein)-deltaG(ligand)

哦，是配体-受体相互作用能。用MM/GBSA和MM/PBSA是没法算了。要不试试QM方法？用高斯软件算

璐璐 发表于 2014-9-23 09:53:58

墨竹晓风 发表于 2014-9-22 10:51
哦，是配体-受体相互作用能。用MM/GBSA和MM/PBSA是没法算了。要不试试QM方法？用高斯软件算 ...

文献中说是： effective binding energies calculated by the MM-PBSA approach，脚本不知道怎么写

墨竹晓风 发表于 2014-9-23 11:47:05

璐璐 发表于 2014-9-23 09:53
文献中说是： effective binding energies calculated by the MM-PBSA approach，脚本不知道怎么写 ...

MM-PBSA吗？要不你把文献题目给我。我看看

璐璐 发表于 2014-9-23 14:49:38

墨竹晓风 发表于 2014-9-23 11:47
MM-PBSA吗？要不你把文献题目给我。我看看

好的，本来想上传的貌似上传不了附件，题目是”Binding Free Energy Calculations for Lead Optimization: Assessment of Their Accuracy in an Industrial Drug Design Context“J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3331−3344

璐璐 发表于 2014-10-15 11:35:43

mmpbsa方法计算的每个snapshot的deltaG值都存放在snapshot_statistics.out.snap这个文件中，由此可得出能量随时间的变化曲线
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