jianchen7882 发表于 2014-8-30 09:45:28

活性口袋做图

本帖最后由 jianchen7882 于 2014-8-30 09:52 编辑

请教各位高手，
想要对一个蛋白质的活性口袋进行探索，并且做图显示这个活性口袋，应该怎么做啊，或者用什么软件进行？谢谢了!主要是要做图显示这个活性口袋，发文章用

小萌物 发表于 2014-8-30 10:13:46

本帖最后由 小萌物 于 2014-8-30 10:17 编辑

你也可以试试PocketPicker，参考文献：Weisel M, Proschak E, Schneider G. PocketPicker: analysis of ligand binding-sites with shape descriptors. Chem Cent J, 2007, 1(7): 1-17.（http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1752-153X-1-7.pdf）

这个软件是一个PyMOL插件，计算相对比较慢，一般时间>10min，建议，在找活性口袋之前，先将蛋白的A链提取出来，再进行空穴搜索。以下是软件运行效果截图：

另外，还有很多相关免费软件，比如fpoket、PocketAnalyzer、KVFinder等，你也可以看看，呵呵，这些我还没测试过，仅稍稍看过文献。

临江仙 发表于 2014-8-30 09:54:27

楼主可以试试论坛大神新开发的软件MolCal，可以用来测量蛋白和纳米管的通道半径

川大-灰太狼 发表于 2014-8-30 12:00:09

这个版面的pymol就是用来做蛋白活性位点与小分子相互作用的免费软件。

大工-阿里巴巴 发表于 2014-8-30 17:36:21

pymol就可以啊~~~

jianchen7882 发表于 2014-9-1 09:36:53

好的，谢谢各位高手，我试试！！{:soso_e163:}{:soso_e163:}{:soso_e163:}

jianchen7882 发表于 2014-9-2 09:04:43

小萌物 发表于 2014-8-30 10:13
你也可以试试PocketPicker，参考文献：Weisel M, Proschak E, Schneider G. PocketPicker: analysis of lig ...

用PocketPicker这个插件试验了一下，计算很久也没有结果显示，反复尝试了几次，都不行，就是显示在运算（310个氨基酸的体系，用一个I7处理器的电脑，跑5、6个小时，还跑了次一夜的），这是什么状况啊？

小萌物 发表于 2014-9-3 10:09:23

jianchen7882 发表于 2014-9-2 09:04
用PocketPicker这个插件试验了一下，计算很久也没有结果显示，反复尝试了几次，都不行，就是显示在运算（ ...

:)你把你的pdb文件传到附件中，我看一下

jianchen7882 发表于 2014-9-3 11:23:53

小萌物 发表于 2014-9-3 10:09
你把你的pdb文件传到附件中，我看一下

谢谢了！

taniyalee 发表于 2014-9-22 09:55:51

小萌物 发表于 2014-8-30 10:13
你也可以试试PocketPicker，参考文献：Weisel M, Proschak E, Schneider G. PocketPicker: analysis of lig ...

请问这个插件在哪里可以下载
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