本帖最后由 wukai4308 于 2013-10-23 20:57 编辑
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 13:47 static/image/common/back.gif
你的意思是模板有一段结构在你的目标序列里没有对应的序列是吗？有多长呢？正常这种情况下不会影响你的模 ...
对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标出来了，errat这部分也认为很可能是错的，这种状况怎么办呢？
Identity30%的模板建的。能用吗？
wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12 static/image/common/back.gif
对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标 ...
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪，这些loop是接近还是远离活性位点，如果只是做对接的话，远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈
wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12 static/image/common/back.gif
对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标 ...
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪，这些loop是接近还是远离活性位点，如果只是做对接的话，远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 19:40 static/image/common/back.gif
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得 ...
非常感谢，我还得多看些文献！这个网站非常给力！
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 19:40 static/image/common/back.gif
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得 ...
楼主，还得请教您一下，我现在找到一个模板可以把loop区对上，但是比对到C端部分，模板上就缺失了（就是说我target序列比模板序列要长），这种情况怎么办呢？
wukai4308 发表于 2013-10-24 18:26 static/image/common/back.gif
楼主，还得请教您一下，我现在找到一个模板可以把loop区对上，但是比对到C端部分，模板上就缺失了（就是 ...
这不就是多模板建模的好处吗？哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid template为关键词在google搜索，有很多可实现的软件或者服务器
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-24 19:24 static/image/common/back.gif
这不就是多模板建模的好处吗？哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid...
请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各自的优势额~
wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28 static/image/common/back.gif
请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...
参数在有些软件中是可调的，比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA（商业软件)做的，比较智能
wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28 static/image/common/back.gif
请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...
参数在有些软件中是可调的，比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA（商业软件)做的，比较智能
楼主这帖子太赞了:lol:lol