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eming 发表于 2013-7-7 06:57:15

[阿里杂谈-通道残基识别]之续-酶之门

阿里杂谈系列中提及了通道残基一说，并且提供了相关软件，及下载，以及应用。这里给阿里杂谈一个补充：酶之门！酶催化，一个延续了一百多年的话题，各种学说不断，越来越多的蛋白特征开始与酶的催化有着关联。尤其是Dynamics观点，非常盛行。底物从进入活性中心安顿下来，然后受到酶大幅度的motion，到达过渡态进行反应，然后产物退出，过程繁杂。通道是一个极为重要的概念，可以预测底物access的path。这个过程中，对于大部分的酶有着某些残基起着控制作用：这些残基就像是一个gate，底物来了，我让你进来；平时不work，休息的时候，有些water可能想逛一下，希望能到酶活性中心玩一玩，这时候，gate可以管着，别进来；还有一些残基比较有意思，底物也进来了，可是由于酶的大幅度motion，这个gate就呼扇来呼扇去的，结果就把底物呼扇到“火山”里反应了。Artur Gora等在Chemical Reviews中《Gates of Enzymes》一文中详细阐述了酶之门这一概念，并对各种酶的门的特点进行了一系列的总结，采用caver进行分析。有兴趣的同学，不妨阅读一下，以加深对通道的认识。http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr300384w

eming 发表于 2013-7-7 07:00:21

管理员请删贴，发了之后才发现跟阿里后来说的是一个东西。sorry了

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-7 11:50:11

管理员请删贴，发了之后才发现跟阿里后来说的是一个东西。sorry了
不删了~我觉得飞天哥看的比我深入，顺便也看看飞天哥对这个文献的理解~哈哈

syjohn 发表于 2013-7-7 07:00:00

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这词汇用的很通俗易懂啊哈哈

天理-小新 发表于 2013-7-8 08:42:12

先看看，似乎我玩的东东好像就是两个loop形成的通道，是底物进入酶催化活性位点的通道。希望对研究有所启发

天理-小新 发表于 2013-7-10 21:22:13

先看看，似乎我玩的东东好像就是两个loop形成的通道，是底物进入酶催化活性位点的通道。希望对研究有所启发

西大-song 发表于 2013-7-10 21:22:16

我的是8--β片层形成的螺旋通道，是连接两个活性位点的一个通道

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-13 08:14:30

我的是8--β片层形成的螺旋通道，是连接两个活性位点的一个通道
宋啊~在这篇文献里，提到了通道的几个不同作用，其中之一就是连接两个活性位点，让远端的两个区域实现协同运动呢！

大工-阿里巴巴 发表于 2013-8-1 13:25:50

先看看，似乎我玩的东东好像就是两个loop形成的通道，是底物进入酶催化活性位点的通道。希望对研究有所启发 ...
那小新可以看看这两个loop是不是可以形成类似gate的作用，有木有open和close的状态~哈哈

天理-小新 发表于 2013-7-13 08:14:00

那小新可以看看这两个loop是不是可以形成类似gate的作用，有木有open和close的状态~哈哈 ...
哈哈，有的，只是木有文献用动力学模拟做过，呵呵

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