modeller，Swiss-model，I-TASSER比较

Charleshen 发表于 2014-2-26 21:50:21

1，如果我们在PDB数据库里面查找一个蛋白时，我们会发现该数据库还提供一个该蛋白质模型的链接，通常是在SWISS-MODEL里面，是自动建模生成的，比如：http://www.proteinmodelportal.org//query/up/O75792/，我们可以看到有两个实验得到的蛋白质模型，两个同源模建的结构，这两个同源模建的结构的模板是序列一致性高达92%的模板建立的。有时候我们得到的实验结构通常是不完整的，loop区断裂，缺失开始、结尾的结构等。我们想用完整的结构，其实数据库中的模型是不错的选择，只要模型检验各个指标都很好（SAVES检验，以及自带的检验），就可以拿来用。本人亲自试过，还特意向老师请教过。2，我用modeller+easymodeller自己也建立了模型，优化后和数据库中的比较，没有数据库的模型好。由此可知，只要模板序列一致性高，该数据库中的模型还是比较好的。3，在SWSS-MODEL中找到的模型，也可以自己建立。建立的方法很多，“Remodel this Protein”就在上面链接的窗口，大家可以试试。remodel的服务器方法包括：MOdweb，M4T，Swissmodel，I-TASSER，HHpred，Phyre2.大家可以全部打钩。其中最有用的就是I-TASSER了。在这里是穿线法和比较建模法的结合，能够得到Top5的模型，并且能够得到一些模板（有时候我们BLASTP找不到合适的模板，可以试试这个~），最为重要的事，它还预测和底物的结合位点以及方式，全都是PDB格式的可以下载。非常有用，而且这样的方式提交后得到结果并不是很慢。欢迎拍砖

Charleshen 发表于 2014-2-26 21:52:16

为什么发帖还要扣金币啊？

laoman 发表于 2014-2-27 08:21:01

表示在这个论坛，金币貌似没怎么派上用途，每天登陆一下论坛都有两个金币可以领~
static/image/smiley/default/smile.gif

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-27 08:38:35

为什么发帖还要扣金币啊？
貌似是你设置了回复赠金币诶~

临江仙 发表于 2014-2-26 21:52:00

咳咳，楼主总结的东西对于好多新手来说都比较实用的，感谢分享，不管是知识还是金币
static/image/smiley/default/lol.gif
static/image/smiley/default/lol.gif
static/image/smiley/default/lol.gif

Charleshen 发表于 2014-3-2 10:53:52

咳咳，楼主总结的东西对于好多新手来说都比较实用的，感谢分享，不管是知识还是金币 ...
因为我就是新手哈哈。增金币大家会积极发言
static/image/smiley/default/lol.gif

haofei_wu 发表于 2014-3-3 20:16:22

搞个系统的培训就好了！

shjwu 发表于 2014-3-2 10:53:00

非常好！

高瑞杰 发表于 2015-8-30 17:08:43

:'(:'(:'(:'(:'(

页: [1]

生物分子模拟论坛's Archiver

modeller，Swiss-model，I-TASSER比较