bigdavidzhu 发表于 2013-5-18 15:41:04

初学者向高手们请教蛋白相互作用模拟预测

本帖最后由 bigdavidzhu 于 2013-5-18 19:09 编辑 小弟是学细胞生物学的，最近老板交给任务，要我对现在研究的两个蛋白之间是否存在相互作用而引起构象改变，从而改变其转录激活结构域，使得靶基因无法激活。这俩个蛋白已经用免疫共沉淀验证存在相互作用，能形成复合物。但是不清楚二者是否会因结合发生构象改变而影响其功能。因此想先计算模拟预测下二者是否存在构象改变，然后用实验验证。小弟对蛋白分子模拟是一张白纸，特来请教各位高手，我应该如何入手，对初学者先学习什么，用什么软件分析！各位有什么好的教程能帮忙小弟一把，非常感谢各位啦！！

川大-灰太狼 发表于 2013-5-18 18:13:49

构象改变的计算，一种可以采取柔性对接的办法，一种则是采用分子动力学的方法。你可以根据需求自己选择学习。

bigdavidzhu 发表于 2013-5-18 19:12:15


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,谢谢！正在学习中。。。。。。

bigdavidzhu 发表于 2013-5-19 16:05:01

灰太狼管理员，我的项目要开展，是不是分如下步骤：1.找到两个蛋白的PBD文件，如果没有，是不是采用同源建模方法，构建蛋白模拟；2.采用柔性分子对接，检测下两个蛋白是否结合，采用分子动力学模拟方法，预测两个蛋白动态构象变化；3.结合相关文献构象和本人实验，预测这种构象改变，是否影响其功能。大概是这样的吗？
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川大-灰太狼 发表于 2013-5-19 16:15:47

嗯是的，基本流程你是已经明确了：）

bigdavidzhu 发表于 2013-5-19 16:31:06

好的！目标明确，我就着手一项一项的来完成吧！每个环节上，少不了来论坛请教！非常感谢

eming 发表于 2013-5-19 17:27:02

最好纯个蛋白，做结晶

bigdavidzhu 发表于 2013-5-21 17:56:06

灰太狼管理员：我是用集成软件，如Discovery Studio做所有分析好，还是针对每项目标，分别用相关软件：如建模就用建模软件Moddler；分子对接就用autoDock；分子动力学模拟。。。。进行分析好啊！？？

guoyingnba 发表于 2013-6-5 16:06:12

嗯是的，基本流程你是已经明确了：）
ZDOCK是刚性对接的方法，现在有什么柔性对接能做蛋白与蛋白的对接么？

川大-灰太狼 发表于 2013-5-19 16:15:00

灰太狼管理员：我是用集成软件，如Discovery Studio做所有分析好，还是针对每项目标，分别用相关软件：如建 ...
如果你有DS的版权，可以使用DS这样的平台综合软件，如果没有版权，那建议你还是用学术免费的软件！
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