小丸子 发表于 2012-11-2 11:01:42

怎样规定CGMD的原子性质

Hi，我想用简化DNA模型来进行一些模拟，这是我创建的模型， 模型是用matlab编程生成的pdb文件。我下一步想创建top文件，听小瓜前辈的介绍，我可以用MS和PROGRE软件得到top文件。但是当我把pdb文件导入MS后，才发现不知道怎么规定表示简化DNA模型的原子的性质。请问我该怎么办呢？跪求大家指教{:soso_e196:}

Babyblue 发表于 2012-11-29 10:25:55

哇塞你这matlab玩的很好呀

leos 发表于 2013-4-6 03:53:07

你可以参照一些已有的CG力场，尤其是已有的生物分子动力学的力场，对每个残基团进行定义，你可以参照：http://md.chem.rug.nl/cgmartini/images/applications/dna/dna.itp
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