forpal 发表于 2014-1-9 11:11:38

一个晶体结构的疑问


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2014-1-9 11:05 上传下载附件 (508.71 KB)1小弟组里面拿到一个晶体结构，但是并不会解析，是别人做的。他给了我mtz和pdb文件，我自己用ccp4i 转化成了ccp4文件，如上图所示。我的配体用stick显示，Cys147是我的蛋白的催化中心，配体醛基和Cys147（虚线相连）从电子密度图中看貌似是有重叠的吧？那这是否说明有可能发生了共价作用呢？但是从距离上看，配体醛基的C和Cys147的S有2.6A的距离，好像又超出了共价键的范围。。非常疑惑，求高手解答。

川大-灰太狼 发表于 2014-1-9 16:24:16

你可以参考一下其他共价键不可逆抑制剂，如Afatinib，PDB号：4G5J。以下是其Cys的S与C的距离1.8埃。
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2014-1-9 16:24 上传下载附件 (62.53 KB)

eming 发表于 2014-1-9 17:06:17

本帖最后由 eming 于 2014-1-9 17:15 编辑 这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构（解析的时候）需要添加限制的，否则优化的时候会分开。你可以问他们要优化结构的log文件，一定会有一个提示，这两个原子的最佳距离是1.8或者1.9，而不是现在你得到的2.多的距离。硫原子攻击这个醛基上的C原子是很常见的，建议你们将结构返回解结构的人，让他重做，参考Jligand的教程http://www.ysbl.york.ac.uk/mxstat/JLigand/tutorial_link.html

川大-灰太狼 发表于 2014-1-9 17:51:39

这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构（解析的时候）需要添加限制的，否则优化的时候会分 ...
哈哈 飞天兄谈得更深刻哈！真可能是没有优化好的缘故。

forpal 发表于 2014-1-9 17:06:00

这个是解结构的人没有考虑到这个共价键。这个在优化结构（解析的时候）需要添加限制的，否则优化的时候会分 ...
嗯多谢飞天兄！他给我的pdb中关于refine的东西确实缺失了一大部分，回头找他研究研究。

forpal 发表于 2014-1-10 09:20:54

你可以参考一下其他共价键不可逆抑制剂，如Afatinib，PDB号：4G5J。以下是其Cys的S与C的距离1.8埃。
好的多谢狼哥
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