小草 发表于 2012-12-5 13:40:24

解读text-PDB

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。。。。。HEADER分子类          公布日期 ID号         
TITLE                              
COMPNDMOL_ID: 每一成分的数目                     COMPND 2 MOLECULE: 分子名                     COMPND 3 CHAIN: 链标示                         COMPND 4 FRAGMENT: 对结构域或是具体部分的详细描述                COMPND 5 SYNONYM: 与分子名同义                     COMPND 6 EC:酶学委员会相关代码                        
SOURCE                                 
KEYWDS                              
EXPDTA测定结构所用的试验方法                     
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REVDAT修订日期及相关内容                         JRNL发表坐标集的文献                        
REMARK

DBREF：其他序列库的有关记录例： DBREF3ZV7 A1 543UNPP04058 ACES_TORCA22564       SEQRES 残基序列 （ pdb用3个字母的缩写代表氨基酸，1个字母代表核酸）      例：SEQRES 1 A543ASP ASP HIS SER GLU LEU LEU VAL ASN THR LYS SER GLY         HET非标准残基                            例：HET1PEA153716                                                         HETNAM 非标准残基的化学名称                     HETSYN 非标准残基的同义字                       例：HETSYN 1PE PEG400                        FORMUL 非标准残基的化学式                        例：FORMUL 21PEC10 H22 O6                      HELIX 螺旋                            例：HELIX1 1 VAL A 40ARG A 445         5       译：该HELIX起始残基为A链第40位的VAL,末端残基为A链第44位的AGR，是右手310螺旋，螺旋长度为5个碱基长SHEET折叠（片层）                        例：SHEET1AA 3 LEU A 7THR A100                  
SHEET2AA 3 GLY A13MET A16 -1OGLY A13 NTHR A10            
译：SHEET AA 共有3条分支链。分支链1是从主链A7位的LEU到主链A10位的THR，0代表此链是首链。分支链2是从主链A13位的GLY到主链A16位的META，后面的-1代表其与它的前导链关系是反式，再后面表示A链13位的GLYA的O与前导链A10位的THR上的N上的H之间形成氢键。TURN 转角SSBOND 二硫键例：SSBOND 1 CYS A 67CYS A 94         1555 15552.05       LINK残基间化学键例：LINK   ND2 ASN A59   C1NAG A1544 1555 15551.46       HYDBND 氢键SLTBRG盐桥（两个原子通过电子之间的相互作用所形成的一种特殊键） CISPEP：顺式结构中的脯氨酸和其他缩氨酸，即顺式残基 例：CISPEP 1 SER A103PRO A104    0   0.19译：记录序列号为1的CISPEP中，A型链第103位残基SER和A型链第104位残基PRO相互作用形成的键角为0.19度SITE：特性位点 例：SITE 1 AC17 TYR A70TYR A 121GLN A 185PRO A 191      CRYST1晶胞参数      例：CRYST1111.008111.008137.38790.0090.00 120.00 P 31 2 16    译：111.008,111.008,137.387为晶胞三条棱长，90.00,90.00,120.00为三条棱之间的夹角，P 31 2 1为空间聚合程度的Hermann-Mauguin符号表示，6是一个单位结构中聚合链的个数ORIGX2 直角-PDB坐标例：ORIGX11.0000000.0000000.0000000.00000         SCALE2直角部分结晶学坐标               例：SCALE10.0090080.0052010.0000000.00000               
ATOM

标准基团的原子坐标


例：ATOM1N ASP A 2-14.61283.49729.2190.50 67.96   N      TER链末端例：TER4264ALA A 536 HETATM 非标准基团的原子坐标                         例：HETATM 4265OH2 1PE A1537-5.86959.81374.7141.00 59.47   O译：A链1537位残基1PE的O原子X坐标为-5.869Å,Y坐标为59.813Å,Z坐标为74.714Å，空间大小为1.00，温度因素为59.47                   CONECT原子间的连通性有关记录 例：CONECT455 4346                                        MASTER6230 19 26 180 206 46691103 42   
END            

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-5 14:26:21

小草解读的很详细啊！哈哈~辛苦啦！

浙农林—老张 发表于 2012-12-5 16:05:47

终于有童鞋来这里发帖了。感动的眼泪哗哗的~

小草 发表于 2012-12-6 12:39:23

终于有童鞋来这里发帖了。感动的眼泪哗哗的~
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以后应该会常来逛的

tanxijuan 发表于 2012-12-5 16:05:00

受益匪浅哪，赞一个
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