Charleshen 发表于 2014-3-3 20:24:59

关于蛋白酶分子动力学模拟过程中的束缚问题和静电屏蔽

大家好，想请教各位大神，如果我们用DS软件做一个蛋白酶的分子动力学，怎么设置束缚算是合理的呢？是全部束缚住吗？还是束缚局部？束缚的力度该多大？我们知道蛋白酶催化时构象变化比较大，是不是不应该束缚结合区域？如果我想屏蔽掉静电相互作用，该怎么做呢？加上溶剂算不算呢？还是要加上水？跪求详细解答呀~尤其是DS软件中分子动力学各个参数的意思，初学，好多都不懂。。。。

blue_cat 发表于 2014-3-4 08:28:43

建议你不要用DS做动力学

Charleshen 发表于 2014-3-4 08:56:43

建议你不要用DS做动力学
用Gromacs吗？可是这个软件对硬件有什么要求吗？我们的电脑可以配置DS，不知道这个软件可以配置吗

枫叶苏 发表于 2014-3-4 08:28:00

如果是单机的话，估计不行，有服务器的话可以考虑。。

Charleshen 发表于 2014-3-4 11:30:37

如果是单机的话，估计不行，有服务器的话可以考虑。。
实验室有主机，还有四五个DELL的机子。专门是给DS和Sybol配置的，不知道Gromacs可以吗？还是一定要去超算中心购买他们的服务呢？

不经意间的呐喊 发表于 2014-3-5 14:45:01

实验室有主机，还有四五个DELL的机子。专门是给DS和Sybol配置的，不知道Gromacs可以吗？还是一定要去超算 ...
GROMACS 免费开源。配置太低的话跑的时间会很长。没用过DS.
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