墨竹晓风 发表于 2012-11-1 16:15:49

关于带电荷的小分子用AMBER做动力学问题

请教各位，用AMBER，对离子液体与酶的复合物可以做动力学模拟吗？
比如：氯化1-丁基-3-甲基咪唑。具有阴阳离子，并且还带电荷。这个怎么做呢？
退之一步，我不考虑cl-，只考虑阳离子那串长链能做动力学吗？带有一个正电荷
谢谢



Babyblue 发表于 2012-11-1 16:18:08

可以，不知道你所说的是不是体系电荷不为零？还是小分子带电荷？
小分子的立场比较好实现

墨竹晓风 发表于 2012-11-1 16:21:44

Babyblue 发表于 2012-11-1 16:18 static/image/common/back.gif
可以，不知道你所说的是不是体系电荷不为零？还是小分子带电荷？
小分子的立场比较好实现 ...

整个离子液体系是电荷为中性的。。
最理想的状态是整套离子液的prmtop参数可以做出来。但是动力学可以做这样阴阳离子的吗？
如果整套做不出来，退一步，我只做阳离子的，可行吗？

Babyblue 发表于 2012-11-1 16:24:50

可以做，你这里所说的离子液，不知道溶剂是什么？

墨竹晓风 发表于 2012-11-1 16:27:17

Babyblue 发表于 2012-11-1 16:24 static/image/common/back.gif
可以做，你这里所说的离子液，不知道溶剂是什么？

离子液就是诸如我贴图的那个结构，溶剂是水

墨竹晓风 发表于 2012-11-7 10:26:03

Babyblue 发表于 2012-11-1 16:24 static/image/common/back.gif
可以做，你这里所说的离子液，不知道溶剂是什么？

领哥，看了下，得要自己写力场了。请问力场主要参数是哪些呢？网上有没有AMBER写小分子力场的教程？谢谢
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