junqizhao 发表于 2014-8-18 16:46:18

请教问题

我在用Discovery studio 对接酶与底物的过程中,一共4个底物(都已经验证能水解),只有两个能成功用Cdocker对接,而用libdock时,四个底物都能对接,同时,我用模板晶体,已知可以结合四个底物,也不能用Cdocker对接,请问这是什么情况?谢谢

iovvoi 发表于 2014-8-30 13:55:12

有两种解决方法:
一、如果确定使用CDOCKER的话,可以进行参数的调整,可以将模拟退火的参数调大,方位取向的参数调大,产生更多的构象去进行对接。
二、换对接程序,比如你说的libdock程序,对接程序没有贵贱之分,能解决问题的就是好算法。
希望对你有帮助。

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