哆啦A梦 发表于 2014-8-14 08:43:07

g_mmpbsa的能量计算问题

求教:g_mmpbsa
tutorial中1EBZ的ΔGbind=-210KJ/mol。而实验中1EBZ的Ki=0.4nM,根据ΔGbind = RT ln IC50 计算得到的ΔGbind=-53.973KJ/mol。这两个值并不相同，难道有换算关系？本人刚学此软件，小菜鸟还望大神指导:loveliness:

哆啦A梦 发表于 2014-8-19 07:37:13

谢谢，一般近似处理的话，文献上都用Ki=IC50。看来只能相互比较了，不能和实验值比

zhuimeng0812 发表于 2014-10-16 16:46:29

本帖最后由 zhuimeng0812 于 2014-10-16 16:58 编辑

我用g_mmpbsa计算的，apolar.xvg这一项，明显不和实际，是怎么回事？求指教


我用g_mmpbsa计算蛋白和小分子的结合能量，
算non-polar用的是SASA模型，但是算出来数值偏大好多，是不是哪里的细节问题没有注意到，
求指教

用到的命令：g_mmpbsa -f 7-8ns.xtc -s md.tpr -i nonpolar-wca.mdp -n mm.ndx -nomme -pbsa -decomp -apolapolar.xvg -apcon apolar.dat

计算结果：   各项的平均值          -280.6840392(vdw)      -136.934098(ele)      -417.6181961(gas)      -245.935(nonpolar)       203.581(polar)


请赐教


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