zhangmao511 发表于 2014-8-7 18:35:38

Pymol里怎么样实现2个残基的连接啊？？谢谢

本帖最后由 zhangmao511 于 2014-8-7 18:38 编辑

我想问一下，在Pymol里，怎么将2个残基连接起来啊？在chimera 里是通过将2个残基的H原子选择上，再进行连接操作，在PYMOL里怎么实现呢？谢谢
下面的蓝色的残基和上面的红色的残基，怎么样能连接在一起呢？在Pymol里如何实现啊？

file:///c:\users\administrator\documents\tencent files\37010583\image\61do6h0~0w26)j

川大-灰太狼 发表于 2014-8-8 10:16:04

先切换到编辑模式，点选两个原子，输入Bond 命令，就可以把两个原子键连起来。





不经意间的呐喊 发表于 2014-8-8 10:25:24

赞。学习受教

zhangmao511 发表于 2014-8-8 21:44:13

我试了一下，可是连接之后，成这个样子了。

zhangmao511 发表于 2014-8-8 21:52:03

我想要的不是上面这个连接，上面这个连接只能在一个PDB文件下进行连接吧。。
我的情况是这样的，我有一个蛋白A（就是上图绿色的），和一个小分子B（上图天蓝色的），我想这个让小分子B和蛋白A的第99位赖氨酸（上图红色的）连接成一个新的氨基酸（小分子B需要连到第99位赖氨酸上，其实小分子B就是一个修饰基团）。
Pymol可以做到吗？？听说Pymol是全球最牛的可视化软件，没有之一。。。:lol

zhangmao511 发表于 2014-8-8 21:52:54

川大-灰太狼 发表于 2014-8-8 10:16 static/image/common/back.gif
先切换到编辑模式，点选两个原子，输入Bond 命令，就可以把两个原子键连起来。





我想要的不是上面这个连接，上面这个连接只能在一个PDB文件下进行连接吧。。
我的情况是这样的，我有一个蛋白A（就是上图绿色的），和一个小分子B（上图天蓝色的），我想这个让小分子B和蛋白A的第99位赖氨酸（上图红色的）连接成一个新的氨基酸（小分子B需要连到第99位赖氨酸上，其实小分子B就是一个修饰基团）。
Pymol可以做到吗？？听说Pymol是全球最牛的可视化软件，没有之一。。。

川大-灰太狼 发表于 2014-8-8 23:15:49

你直接在pymol里面，在你想添加的残基上面画出你的小分子就可以了，不需要你去链接起来！

dabaitu02 发表于 2015-1-28 19:04:25

赞！！{:soso_e179:}
页: [1]
查看完整版本: Pymol里怎么样实现2个残基的连接啊？？谢谢