zhangmao511 发表于 2014-7-27 00:31:24

请问，Autodock如何设置对接位点啊？

请问，Autodock如何设置对接位点啊？？
就是，我有一个配体A，我查文献知道第25位是这个配体的对接位点。那么在ADT里，怎么选中这个25位，让它成为对接位点呢？如何操作呢？谢谢！！
因为如果不特别设置这个25位的话，ADT对接总是对接不到这个位置上。谢谢。。

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-27 11:48:28

25位残基吗？有多种办法选择，你可以用文本编辑软件找到25位残基上任何一个原子对应的三维坐标，填入grid box设置的参数里即可

zhangmao511 发表于 2014-7-27 22:21:39

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-27 11:48 static/image/common/back.gif
25位残基吗？有多种办法选择，你可以用文本编辑软件找到25位残基上任何一个原子对应的三维坐标，填入grid b ...

我是想选定配体的25位，不是受体的25位。设置grid box不是圈定受体对接区域吗？？？

zhangmao511 发表于 2014-7-27 22:30:27

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-27 11:48 static/image/common/back.gif
25位残基吗？有多种办法选择，你可以用文本编辑软件找到25位残基上任何一个原子对应的三维坐标，填入grid b ...

或者说，我想让配体的25位残基，对接到受体的某个固定区域（我自己选定的），可以弄吗？如果可以的话，怎么弄呢？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-28 09:02:22

zhangmao511 发表于 2014-7-27 22:30 static/image/common/back.gif
或者说，我想让配体的25位残基，对接到受体的某个固定区域（我自己选定的），可以弄吗？如果可以的话，怎 ...

这说的是限定结合位置的对接吧~原来指的是配体上的原子嘞。。。。AD貌似做不到限定位置的对接

墨竹晓风 发表于 2014-7-28 09:25:15

限制对接？目前GOLD做的还行，可以去关注下。

zhangmao511 发表于 2014-7-28 10:21:06

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-28 09:02 static/image/common/back.gif
这说的是限定结合位置的对接吧~原来指的是配体上的原子嘞。。。。AD貌似做不到限定位置的对接 ...

我还想问一下，ADT里的Grid格子，就是那个拉出来的矩形是干嘛用的啊？
我的理解是，如果把格子画在在受体周围，是不是就是对这个格子里任意一个位置进行计算，算出几个最优的位置，然后把配体给放在这个位置。那如果格子画在在配体周围呢？？？谢谢

zhangmao511 发表于 2014-7-28 10:25:46

墨竹晓风 发表于 2014-7-28 09:25 static/image/common/back.gif
限制对接？目前GOLD做的还行，可以去关注下。

GOLD是不是付费的软件啊？？？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-28 15:39:20

zhangmao511 发表于 2014-7-28 10:25 static/image/common/back.gif
GOLD是不是付费的软件啊？？？

是的，商业软件

大工-阿里巴巴 发表于 2014-7-28 15:40:59

zhangmao511 发表于 2014-7-28 10:21 static/image/common/back.gif
我还想问一下，ADT里的Grid格子，就是那个拉出来的矩形是干嘛用的啊？
我的理解是，如果把格子画在在受体 ...

矩形是你的对接盒子的可视化。意思就是对接得到的配体结合位点只可能在你画出的矩形区域内。盒子的具体位置一般是以你蛋白质的活性位点氨基酸为中心的。
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