zhangmao511 发表于 2014-7-16 15:10:38

如何进行三聚体的蛋白分子对接？？

想请教一下，如何进行三聚体的蛋白分子对接？？
我有3个蛋白分子，蛋白A（800aa）,蛋白B（160aa），蛋白C(180aa)。我算是新手,没啥经验，我想请教三聚体是如何对接呢？我一般用ZDOCK，Hex进行对接。是先对接2个蛋白成新的D蛋白，再用D蛋白与C蛋白对接吗，那么先选哪2个蛋白对接好呢（AB？AC？BC？）？然后哪个蛋白做受体哪个蛋白做配体，有什么讲究吗？还是有什么软件可以直接进行3个蛋白的对接？？
谢谢！！

墨竹晓风 发表于 2014-7-17 22:24:11

应该没有软件可以实现同时三蛋白对接。先查查有没有文献做过类似蛋白的对接，看看别人的对接顺序。没有的话，就各种组合来一遍，然后通过打分来确定可能的顺序。但是确实不太好说明清楚。

川大-灰太狼 发表于 2014-7-18 09:13:19

或许 Rosetta可以实现，它可以实现 多个分子同时对接！可以查阅下这方面的资料，学术免费软件。

zhangmao511 发表于 2014-7-19 00:36:17

川大-灰太狼 发表于 2014-7-18 09:13 static/image/common/back.gif
或许 Rosetta可以实现，它可以实现 多个分子同时对接！可以查阅下这方面的资料，学术免费软件。 ...

我用的是RosettaDock Server，不知道可以吗？
但是，里面也只有Docking2和Symmetric_docking这2种对接，不知道你说的RosettaDock多蛋白同时对接，是用的哪个呢？？
或者说，RosettaDock的客户端版可以？？

川大-灰太狼 发表于 2014-7-22 09:14:29

仔细看下rosetta的说明书，下载客户端进行模拟。
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