/rose水水 发表于 2014-7-10 15:26:41

蛋白-蛋白复合物跑动力学，如何固定其位置？

本人先用ZDOCK做了蛋白-蛋白的分子对接实验，然后想将其复合物用gromacs跑分子动力学。思路是将二者合成一个蛋白，序号等也改正好了。但是刚跑优化这步时，两蛋白就分开了。因此想请教各位大侠们，用什么办法可以将两蛋白的位置固定，然后跑动力学呢？

whl2dxl 发表于 2014-7-10 22:06:39

用Position restraint 可以吗？http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/02_topology.html 在这个教程里面有介绍的。

/rose水水 发表于 2014-7-11 13:16:52

whl2dxl 发表于 2014-7-10 22:06 static/image/common/back.gif
用Position restraint 可以吗？http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/ ...

好像不行啊。还是分开。

whl2dxl 发表于 2014-7-11 20:13:55

/rose水水 发表于 2014-7-11 13:16 static/image/common/back.gif
好像不行啊。还是分开。

你将两个蛋白都做 genrestr吗？

whl2dxl 发表于 2014-7-11 20:16:30

本帖最后由 whl2dxl 于 2014-7-11 20:18 编辑

再有 gromacs里面有个 freeze 不知道是否适合的你体系。 对于几种限制（restraint, constraint and freeze ） sobereva在他的博客里做了一些介绍，希望对你有用。http://hi.baidu.com/sobereva/blog/item/27ecdb6e603323dd80cb4a5c.html

zhangmao511 发表于 2014-7-12 12:29:35

请问你是在进行哪一步的时候，分开了啊？？

/rose水水 发表于 2014-7-14 13:50:14

zhangmao511 发表于 2014-7-12 12:29 static/image/common/back.gif
请问你是在进行哪一步的时候，分开了啊？？

grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em

优化这步跑开的。

zhangmao511 发表于 2014-7-14 21:06:35

能量最小化之后，就分开了？？我也在做和你一样的体系，也是用ZDOCK对接的，不过还没开始跑MD，在找结合位点在。。。
楼上的建议，你可有试过吗？？

/rose水水 发表于 2014-7-16 10:15:07

zhangmao511 发表于 2014-7-14 21:06 static/image/common/back.gif
能量最小化之后，就分开了？？我也在做和你一样的体系，也是用ZDOCK对接的，不过还没开始跑MD，在找结合位 ...

试过，貌似不管用。

zhangmao511 发表于 2014-8-14 10:47:29

“思路是将二者合成一个蛋白”？？我也是ZDOCK对接的，但是2个蛋白我是用A，B链分开的。。你用ZDOCK对接选的是model1吗？？
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