zhangmao511 发表于 2014-6-23 17:09:01

Gromacs模拟温度耦合和压力耦合选择算法的问题，感谢！

想请教大侠们，Gromacs模拟的时候，MDP配置文件里的温度耦合（Temperature coupling）的berendsen，nose-hoover，v-rescale选哪个算法好啊……？还有其压力耦合的berendsen，Parrinello-Rahman选哪个好呢？？我在温度和压力耦合，选哪个算法上一直纠结不前。。。。我的体系很简单，就是一个蛋白在水溶液中。有没有大虾，能讲解一下这些选择这些算法的区别，以及对最后MD的结果产生的影响呢…………？？万分感谢！

枫叶苏 发表于 2014-8-12 20:06:38

手册上这些都有讲述，你可以仔细看看。。

zhangmao511 发表于 2014-8-14 10:42:58

枫叶苏 发表于 2014-8-12 20:06 static/image/common/back.gif
手册上这些都有讲述，你可以仔细看看。。

你说的手册是指的Gromacs官方的manual吗？？
这个……？？这个上面讲的比较少啊。。


枫叶苏 发表于 2014-8-24 23:23:03

zhangmao511 发表于 2014-8-14 10:42 static/image/common/back.gif
你说的手册是指的Gromacs官方的manual吗？？
这个……？？这个上面讲的比较少啊。。



算法没有好坏，只要你能跑出你想要的结果就是好算法，现在你所纠结的这个问题根本不需要，新人可以直接按教程走的，手册4.6.2第198和199页的东西已经够了。
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