zhangmao511 发表于 2014-6-9 11:52:52

Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？

Gromacs在周期性边界条件设定那一步，需要设定水盒子的形状，-bt参数设定，可以设定立方体，八面体，十二面体。我想请教一下，选择这几个形状有什么讲究吗？？或者说，选哪一个形状更好些，对于后面的模拟来说，更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢！！

因为我在看NMR上面的例子有说，选择rhombic dodecahedron，因为其对应最优堆积空间，因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。

大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-9 22:47:13

没有特别要求，选择12面体就行，这是所有体系在其他情况相同时，总原子数最少的，可以加速你的模拟进程~哈哈

海洋 发表于 2014-6-10 08:54:21

大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-9 22:47 static/image/common/back.gif
没有特别要求，选择12面体就行，这是所有体系在其他情况相同时，总原子数最少的，可以加速你的模拟进程~哈 ...

;P

zhangmao511 发表于 2014-6-11 09:11:16

可是我的蛋白分子是一个类似β桶状结构，十二面体的话是一个球状结构，是否应该是蛋白分子中的每个原子到水盒子边界较远比较好啊？？

shjwu 发表于 2014-6-11 11:42:20

十二面体不一定是正十二面体，也就是说各个边不必都等长，系统能够根据你的蛋白质形状，做出一个长条型的十二面体。也就是说，像雕像一样，把不必要的部分尽量除去，保留必要的部分，以减少系统原子数目，节约计算资源

墨竹晓风 发表于 2014-6-15 10:21:50

我个人是用长方体。不过如阿里巴巴版主所说，12面体的计算量最小。

大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-15 10:24:06

墨竹晓风 发表于 2014-6-15 10:21 static/image/common/back.gif
我个人是用长方体。不过如阿里巴巴版主所说，12面体的计算量最小。

实际中我也最常用长方体

zhangmao511 发表于 2014-7-1 15:34:40

长方体是不是就是，用 -bt triclinic 这个就OK了？？
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