历史的留言 发表于 2014-5-29 20:03:17

对接是个很蛋疼的东西!

用PDB库里的蛋白复合物验证号称对接准确度最高的全柔性对接软件MVD。结果真令人蛋疼。
我是这么做的,把蛋白复合物里的配基取出来,与另外几十个小分子,构成一个小配基库。然后与蛋白对接。按道理,蛋白质复合物里的这个配基,得分应该最低,对不对。但对接结果是,在这几十个小分子库里,复合物配基的排名既不是最高,也不是最低。什么问题都说明不了。用的还是蛋白复合物原来那个配基的口袋,如果用软件预测的口袋,估计对接结果更杯具。

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14:50

本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-5-29 22:37 编辑

1.全柔性对接需要极丰富的实战经验,明确扭转角范围为多少,以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看,并不能算最好的。建议试试GOLD。
3.口袋的选择需要考虑清楚,并不是说把口袋包含就算好了,这里面讲究很多。
现在流行的十来种对接软件,各自有自己适应的体系。
另,柔性对接靠谱,还要分子动力学作甚?

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-30 08:59:58

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14 static/image/common/back.gif
1.全柔性对接需要极丰富的实战经验,明确扭转角范围为多少,以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看,并不能算最 ...

可以点赞不?如果有条件,试试schrodinger的glide也不错~根据我的经验,MVD的对接性能确实不算好的,话说墨墨,GOLD的对接精度如何?

历史的留言 发表于 2014-5-30 10:29:58

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14 static/image/common/back.gif
1.全柔性对接需要极丰富的实战经验,明确扭转角范围为多少,以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看,并不能算最 ...

请问,适合酶与底物对接、诱导物与转录因子、转运蛋白与底物这三类对接的软件各自是什么?谢谢。。

历史的留言 发表于 2014-5-30 15:20:09

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:14 static/image/common/back.gif
1.全柔性对接需要极丰富的实战经验,明确扭转角范围为多少,以及扭转残基。
2.MVD从我使用来看,并不能算最 ...

GOLD软件里好象没有口袋预测功能,只能对接已经知道口袋的蛋白。

墨竹晓风 发表于 2014-5-31 09:57:29

历史的留言 发表于 2014-5-30 15:20 static/image/common/back.gif
GOLD软件里好象没有口袋预测功能,只能对接已经知道口袋的蛋白。

已知配体-受体晶体结构的情况下,选择对接口袋都是一项技术活。预测的就更加不准确的。先熟悉蛋白吧,看该蛋白晶体解析时候的文章,以及后续的报道。看哪些残基重要。

墨竹晓风 发表于 2014-5-31 09:58:54

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-30 08:59 static/image/common/back.gif
可以点赞不?如果有条件,试试schrodinger的glide也不错~根据我的经验,MVD的对接性能确实不算好的,话说 ...

GOLD我个人感觉非常好。

川大-灰太狼 发表于 2014-6-4 09:02:32

1、软件只是工具,用得好不好在于人!就像有人毛笔字可以写得刚劲有力,有人却是“龙飞凤舞”。所有的设计不在软件,而在一念之间。

2、MVD其实并不是最优秀的,广告都是自己给自己贴金。在某一方面比别人好那么丁点就可以夸大其词。

3、建议:好好学习药物设计的相关知识,用经验指导你的对接,而不是用对接指导你的设计。思想是无边际的,软件是有限的计算。
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