川大-灰太狼 发表于 2012-11-10 23:41 static/image/common/back.gif
首先，你删除链的做法是有问题的，必须保留活性中心周围的氨基酸残基（一般是以配体为中心，周围6埃以内 ...
再请教蔡兄，我查了下ｅｐｄｂ，只是说了起什么作用，但是用法没有说，在ｂａｓｈ里输入ｅｐｄｂ ＋文件名，但说没有这个命令，请问这个命令怎么用啊，在安装文件里找到一个ｅｐｄｂｐａｒｓｅｒ.ｐｙ文件，ＡＤＴ的ｈｅｌｐ里也没有查到，使用ｌｉｎｕｘ版的ＡＤＴ才能用吗？谢谢
-这是在官网找到的：The "epdb" command now uses calculateBindingEnergies so that if
AD4.1_Bound.dat is used, the internal energy of the unbound state can
be set to that of the docked state.* Also, added a check to see if
the number of values specified by the "dihe0" command matches the
number of torsions found in the ligand PDBQT (ntor), and prints a
warning if they do not match.
游子8921 发表于 2012-11-12 23:16 static/image/common/back.gif
再请教蔡兄，我查了下ｅｐｄｂ，只是说了起什么作用，但是用法没有说，在ｂａｓｈ里输入ｅｐｄｂ ＋文件 ...
用法就是当命令用，具体的可以参考http://web.njit.edu/all_topics/Prog_Lang_Docs/html/autodock/AD3.1a.0UserGuide.html
你先确定第一个问题你是否能得到较低的能量，之后你再自己解决这个问题。
川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 09:20 static/image/common/back.gif
用法就是当命令用，具体的可以参考http://web.njit.edu/all_topics/Prog_Lang_Docs/html/autodock/AD3.1a ...
好的，谢谢蔡兄
好资源，谢谢分享
川大-灰太狼 发表于 2012-11-9 20:40 static/image/common/back.gif
AutoDock其实不太适合做多肽的对接！因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象？ ...
向群主求一下AUTOdock的视频在线播放太卡了 谢谢了 qiuzuocheng2012@163.com
好资源，学到很多东西！谢谢1
向群主求一下AUTOdock的视频在线播放好像没法看了。谢谢了, fdfdsos@163.com
fdfdsos 发表于 2013-7-20 19:30 static/image/common/back.gif
向群主求一下AUTOdock的视频在线播放好像没法看了。谢谢了,
在线播放可以看，只是估计你们学校屏蔽了优酷这样的视频网站！这样吧，我更新一下帖子，给一个迅雷下载链接。
不知道有没有人发过 我画蛇添足一下 http://v.youku.com/v_show/id_XNDU0MjUyMjAw.html 这是youku地址 免费注册youku用户即可下载
为什么看不到啊