Gromacs如何添加新的氨基酸到力场文件中啊？？
本帖最后由 zhangmao511 于 2014-5-20 16:02 编辑我是新人金币不多，全砸在这个问题上了，这个问题卡的我好郁闷，希望回帖能够给予一定意义的解答，感谢！
我想问一下，我需要做一个新的氨基酸（不是标准的氨基酸），所以我将我新做的氨基酸的PDB文件，放到PRODRG2网站上，生成出如下的Gromacs的拓扑文件。因为我知道Gromacs里添加一下新的氨基酸到力场里，是要修改力场的.rtp文件的，我用的是oplsaa力场。那我现在是将下面的这个拓扑代码修改成oplsaa力场的.rtp文件的格式（oplsaa力场的.rtp文件的格式 和下面的PRODRG2 出来的拓扑文件差别好大啊，怎么改啊？？），还是将这个文件直接include到力场的RTP文件里呢？或者其他什么办法呢？？
我主要是想知道如何将Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，按照aminoacid.rtp改写。。。（因为我用的是oplsaa全原子力场，Prodrg生成的ITP里貌似没有）
PRODRG2出来的Gromacs的拓扑文件：
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
LAC 3
[ atoms ]
; nr typeresnr residatomcgnr charge mass
1 OM 1LSU O1 1 -0.29415.9994
2 C 1LSU C4 1 0.33712.0110
3 OM 1LSU O2 1 -0.29415.9994
4 CH2 1LSU C3 1 0.12614.0270
……………………
[ bonds ]
; aiajfu c0, c1, ...
2 1 2 0.12513400000.0 0.12513400000.0 ; C4 O1
2 3 2 0.12513400000.0 0.12513400000.0 ; C4 O2
2 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; C4 C3
………………
[ pairs ]
; aiajfu c0, c1, ...
1 5 1 ; O1 C2
2 6 1 ; C4 C1
3 5 1 ; O2 C2
…………
[ angles ]…………
[ dihedrals ]…………
oplsaa力场的.rtp文件的格式是这样的（如果要修改成这样，怎么对应上啊？？纠结！！）：
[ LYS ]
[ atoms ]
N opls_238 -0.500 1
H opls_241 0.300 1
CA opls_224B 0.140 1
HA opls_140 0.060 1
…………
[ bonds ]
N H
N CA
CA HA
…………
[ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
N CA CB CG dih_LYS_chi1_N_C_C_C
CG CB CA C dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
CD CE NZ HZ1 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
CD CE NZ HZ2 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
[ impropers ]
-C CA N H improper_Z_N_X_Y
CA +N C O improper_O_C_X_Y
其实，我的核心问题是prodrg2出来的拓扑文件，怎么用来修改或者更新力场文件（我用的是oplsaa力场）？？谢谢。 看问题还得交钱？亲，有木有搞错 看问题还得交钱？亲，有木有搞错 本帖最后由 zhangmao511 于 2014-5-20 16:15 编辑
实在抱歉，搞错了，谢谢提醒，我本来想回帖奖励的，搞反了。。万分抱歉。
然后，我看到海洋在2013年的时候有一个回帖，说到将Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，再将itp文件按照aminoacid.rtp改写，来搞定添加非标准氨基酸的力场参数。我现在就是不知道怎么改写RTP:'(:'(
然后，我看到有的回帖说到Prodrg主要用于联合力场的，而且我看PRODRG生成哦结果里面没有我想要的OLPSAA力场，郁闷啊！！！！
刚我有看别人说，prodrg可以生成top和ITP文件吗，直接用就可以了，不用pdb2gmx，可以直接跳过pdb2gmx命令，这个……这个…………这个……？？那为啥有人还将Prodrg中生成的ITP改写RTP文件呢？疑问？？ 这个应该需要修改生成的文件吧 浪模拟 发表于 2014-11-27 14:17
这个应该需要修改生成的文件吧
不用，用ATB就可以。:)
几个月前的贴子了。呵呵 PRODRG2 生成的是gromos力场，和oplsaa力场定义上应该有一定区别，不好直接转换吧？ 是的，所以用ATB来生成。。
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