prodrg2生成的HDB拓扑文件中没有碳原子的氢原子,怎么办?
我用prodrg2生成出我的小分子(只含有C,H,N,O)拓扑文件 。但是, prodrg2生成的HDB拓扑文件中,只有生成了非碳原子上的氢原子信息。那我碳原子上的氢原子信息怎么办啊??求助,感谢!!!
作为非极性H忽略了,这个可以不用管了啊 同意楼上解说,哈哈:lol 我用的是oplsaa力场,这个力场下的加氢文件aminoacids.hdb貌似包含了氨基酸的所有氢原子
LYS 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N C CB
2 6 HB CB CG CA
2 6 HG CG CD CB
2 6 HD CD CE CG
2 6 HE CE NZ CD
2 4 HZ NZ CE CD
我现在用prodrg2生成出的HDB文件没有非极性H参数,就不用管了吗?直接将prodrg2生成出的HDB文件内容追加到上面内容的后面就可以了吗??
因为我是想添加一个新的氨基酸,用prodrg2生成拓扑文件,但是发现生成出来的和力场的对应的文件差别好大啊??所以就不懂了。。 其实,我很想知道prodrg2是不是不适用于OLPSAA全原子立场啊????
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