北京2013 发表于 2014-5-17 10:47:10

组氨酸质子化状态的问题

本人现在打算用Amber跑分子动力学，需要先确定蛋白大分子中组氨酸质子化状态，以便更改为相应的残基名，请问各位大神，怎样才能确定这些组氨酸的质子化状态呢？请大家不吝赐教，非常感谢大家的帮忙

墨竹晓风 发表于 2014-5-18 10:28:34

解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

北京2013 发表于 2014-5-19 14:52:45

墨竹晓风 发表于 2014-5-18 10:28 static/image/common/back.gif
解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS，如果按照您提供的方案，我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢？第二，如果我不修改的话，会有什么影响呢？在感谢您

北京2013 发表于 2014-5-19 14:53:07

墨竹晓风 发表于 2014-5-18 10:28 static/image/common/back.gif
解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS，如果按照您提供的方案，我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢？第二，如果我不修改的话，会有什么影响呢？在感谢您

墨竹晓风 发表于 2014-5-20 13:41:57

北京2013 发表于 2014-5-19 14:52 static/image/common/back.gif
非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是H ...

需要通过软件预测，比如H++

北京2013 发表于 2014-5-29 21:38:08

本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-5-29 22:18 编辑

墨竹晓风 发表于 2014-5-20 13:41 static/image/common/back.gif
需要通过软件预测，比如H++
最近稍微研究了一下H++，想请教前辈一下，那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH值呢？


墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:18:36

北京2013 发表于 2014-5-29 21:38 static/image/common/back.gif
最近稍微研究了一下H++，想请教前辈一下，那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH ...

使用试验PH吧

北京2013 发表于 2014-5-30 18:23:14

墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:18 static/image/common/back.gif
使用试验PH吧

谢谢您的耐心解答:handshake
页: [1]
查看完整版本: 组氨酸质子化状态的问题