Amber11+AmberTools1.5在RHEL5.4 & CentOS5.5中的安装【原创】
1、RHEL5.4 x86_64/CentOS 5.5 i386(RHEL5.4为实体机安装, CentOS 5.5为虚拟机安装，VMware Workstation 7.0.1 build-227600) 2、硬件系统：Dell T7500 Workstation （2X Xeon X5650／24G DDR3／1TB SATA／1GB Quadro2000） 3、user：root; shell: bash; Amber11 installed to /home/phamlab/amber11 4、Amber11软件需要购买获得使用license，AmberTools可以到http://www.ambermd.org 免费下载。一、Intel编译器的安装1、下载获得intel非商业版编译器（non-commercial），网址是：http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/目前最新版本是l_ccompxe_2011.10.319.tgz、l_fcompxe_2011.10.319.tgz，邮箱注册，获得两个许可文件NCOM_L_CMP_FOR_NR2M-NC769Z35.lic、NCOM_L_CMP_CPP_N5D5-XJVTHHH8.lic。2、解压并安装cd /home/phamlab/intel_compiler
tar xvf l_ccompxe_2011.10.319.tgz
tar xvf l_fcompxe_2011.10.319.tgz
cd l_ fcompxe_2011.10.319
./install.sh
#激活产品选项时选择"Use a license file" (许可文件：NCOM_L_CMP_FOR_NR2M-NC769Z35.lic，需要输入完整路径)#安装选项中不需要的部分如Intel Debugger等可以去掉，但里面intel MKL应保留。#用相同的方法安装icc (l_ccompxe_2011.10.319, 许可文件NCOM_L_CMP_CPP_N5D5-XJVTHHH8.lic), 同样安装选项中只选择Intel C++ Compiler, 3、为intel设置环境变量vi /root/.bashrc
# 添加以下内容至文件中: source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 ## (CentOS 5.5 i386中安装时，使用ia32 替换intel64，其他步骤相同)
export MKL_HOME=/opt/intel/mkl
# Esc, wq save and exit vi# 使/root/.bashrc生效输入bash 或是重启shell 或是 resource /root/.bashrc二、并行程序支持去网站：http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载得到mpich2-1.4.1p1.tar.gz tar zxvf mpich2-1.4.1p1.tar.gz
cd mpich2-1.4.1p1
./configure FC=ifort CC=icc
make
make install
三、安装amber11串行版 1、将amber和ambertools解压到同一个文件夹下： cd /home/phamlab
tar jxvf amber11.tar.bz2
tar jxvf AmberTools-1.5.tar.bz2
#添加变量AMBERHOME vi /root/.bashrc
export AMBERHOME=/home/phamlab/amber11
source /root/.bashrc
2、下载amber和AmberTools的补丁包bugfix #到网站： http://ambermd.org/bugfixesat.html 下载获得AmberTools1.5 的补丁包 "bugfix.all", move it to /home/phamlab/amber11 cd $AMBERHOME
patch -p0 -N < bugfix.all
#到网站： http://ambermd.org/bugfixes11.html 下载得到Amber11的bugfix (bugfix.all.tar.bz2)和 apply_bugfix.x. 复制该两文件到amber11同级目录，切记不能放在amber11文件夹内。该例中是 /home/phamlab/ 下。 ./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2 # 该处报错，经检查得知，apply_bugfix.x文件是在windows下处理所得，每一行的后面都增加了linux所不识别的换行符“^M”，需要去除掉。 vi apply_bugfix.x -b
: %s/^M$//g
( % 指匹配整个文件，s 是置换的意思，^M 注意要用 Ctrl + V， Ctrl + M 来输入，M 后面的 $ 代表匹配行尾的内容，最后的 g 则表示每行中匹配到的内容都要置换。) ./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2
3、安装ambertools cd amber11/AmberTools/src
./configure intel
make install
cd ../test
make test
4、安装amber11串行版 cd $AMBERHOME
./AT15_Amber11.py
cd src
make serial
cd ../test
make test
#增加路径变量： vi /root/.bashrc
export PATH=$PATH:/home/amber11/bin :/home/phamlab/amber11/exe
source /root/.bashrc
四、安装amber11的并行版 cd ../AmberTools/src
make clean
./configure -mpi intel
make install
cd $AMBERHOME
./AT15_Amber11.py
cd src
make clean
make parallel
cd ../test/
#测试并行计算
export DO_PARALLEL="mpirun -np 2" （实体机是12 core，所以可以设置为mpirun –np 8）
make test.parallel
五、amber11应用于phamlab用户 su
vi /home/phamlab/.bashrc
添加：source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.sh intel64
export AMBERHOME=/home/phamlab/amber11
export PATH=$PATH:/home/phamlab/amber11/bin:/home/phamlab/amber11/exe:/home/phamlab/amber11/AmberTools/exe
wq退出source /home/phamlab/.bashrc
感谢大牙兔给我们带来如此完美的教程！向大牙兔学习。 很给力，非常感谢！~！
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