shjwu 发表于 2014-5-3 04:49:11

Charmm力场残基调不出来!!!

各位大侠,帮我看看我建的charmm力场残基哪里错了,怎么总调不出来啊。top文件看着结构正确,但是一到了生成.psf文件,总是看不到甲酰基了。这是为什么呀。
RESI FVA          0.00! ?????????????????
GROUP
ATOM H1   HA   0.0900 !
AOTM CN   C      0.4200!   O1H1
ATOM O1   O   -0.5100!    \\ /
GROUP                           !   CN
ATOM N    NH1    -0.47   !      |   HG11 HG12
ATOM HN   H       0.31    !HN-N       \    /
ATOM CA   CT1   0.07   !      |      CG1--HG13
ATOM HA   HB      0.09   !      |      /
GROUP                        !HA-CA--CB-HB
ATOM CB   CT1    -0.09   !       |       \   
ATOM HB   HA      0.09   !       |      CG2--HG21
GROUP                           ! O=C      /   \   
ATOM CG1CT3    -0.27!      |   HG21 HG22
ATOM HG11 HA      0.09
ATOM HG12 HA      0.09
ATOM HG13 HA      0.09
GROUP   
ATOM CG2CT3    -0.27
ATOM HG21 HA      0.09
ATOM HG22 HA      0.09
ATOM HG23 HA      0.09
GROUP   
ATOM C    C       0.51
ATOM O    O      -0.51
BOND CN H1 CN N                                 !ADDED
BOND CBCA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN   
BOND N   CA   C   CA    C   +N    CA HA   
BOND CBHB    CG1 HG11CG1 HG12CG1 HG13CG2 HG21   
BOND CG2 HG22CG2 HG23
DOUBLE O   C   
DOUBLE O1CN                                    !ADDED
IMPR N CN CA HN C CA +N O                     !DEVISED   
IMPR CN H1 NO1                              !ADDED
DONOR HN N   
ACCEPTOR O C
ACCEPTOR O1 CN                                  !ADDED

shjwu 发表于 2014-5-3 04:54:40

拓扑文件:
CRYST1    1.000    1.000    1.00090.0090.0090.00 P 1         1
ATOM      1C   FVA B   1      -3.601-1.112   1.1221.000.00         C
ATOM      2N   FVA B   1      -2.790-0.273   3.2891.000.00         N
ATOM      8O1FVA B   1      -1.654-1.703   4.5991.000.00         O
ATOM      9CNFVA B   1      -1.848-0.560   4.1931.000.00         C
ATOM      3O   FVA B   1      -4.079-0.123   0.5691.000.00         O
ATOM      4CAFVA B   1      -3.692-1.240   2.6561.000.00         C
ATOM      5CBFVA B   1      -5.139-1.025   3.1621.000.00         C
ATOM      6CG1 FVA B   1      -6.098-2.056   2.5401.000.00         C
ATOM      7CG2 FVA B   1      -5.228-1.135   4.6951.000.00         C
ATOM   10N   GLY B   2      -3.016-2.098   0.4231.000.00         N
ATOM   11CAGLY B   2      -2.942-2.115-1.0431.000.00         C
ATOM   12C   GLY B   2      -1.745-2.884-1.6261.000.00         C
ATOM   13O   GLY B   2      -1.304-3.888-1.0671.000.00         O
ATOM   14N   ALA B   3      -1.246-2.424-2.7831.000.00         N
ATOM   15CAALA B   3      -0.164-3.034-3.5601.000.00         C
ATOM   16C   ALA B   3       1.183-2.330-3.3061.000.00         C
ATOM   17O   ALA B   3       1.354-1.157-3.6411.000.00         O
ATOM   18CBALA B   3      -0.548-3.004-5.0461.000.00         C
ATOM   19N   DLE B   4       2.144-3.047-2.7111.000.00         N
ATOM   20CADLE B   4       3.438-2.522-2.2761.000.00         C
ATOM   21CBDLE B   4       4.478-2.618-3.4161.000.00         C
ATOM   22CGDLE B   4       5.381-1.374-3.5361.000.00         C
ATOM   23CD1 DLE B   4       4.620-0.203-4.1791.000.00         C
ATOM   24CD2 DLE B   4       5.986-0.945-2.1891.000.00         C
ATOM   25C   DLE B   4       3.891-3.263-1.0031.000.00         C
ATOM   26O   DLE B   4       4.172-4.459-1.0501.000.00         O
ATOM   27N   ALA B   5       3.926-2.564   0.1361.000.00         N
ATOM   28CAALA B   5       4.073-3.132   1.4761.000.00         C
ATOM   29C   ALA B   5       2.865-2.767   2.3621.000.00         C
ATOM   30O   ALA B   5       2.395-1.632   2.3331.000.00         O
ATOM   31CBALA B   5       5.390-2.644   2.0911.000.00         C
ATOM   32N   DVA B   6       2.375-3.718   3.1681.000.00         N
ATOM   33CADVA B   6       1.274-3.529   4.1251.000.00         C
ATOM   34CBDVA B   6       1.856-3.304   5.5421.000.00         C
ATOM   35CG1 DVA B   6       2.750-2.051   5.5911.000.00         C
ATOM   36CG2 DVA B   6       0.763-3.150   6.6121.000.00         C
ATOM   37C   DVA B   6       0.312-4.734   4.0671.000.00         C
ATOM   38O   DVA B   6       0.758-5.880   4.0791.000.00         O
ATOM   39N   VAL B   7      -1.003-4.481   4.0021.000.00         N
ATOM   40CAVAL B   7      -2.063-5.494   3.8851.000.00         C
ATOM   41C   VAL B   7      -2.643-5.475   2.4541.000.00         C
ATOM   42O   VAL B   7      -3.205-4.465   2.0351.000.00         O
ATOM   43CBVAL B   7      -3.161-5.243   4.9481.000.00         C
ATOM   44CG1 VAL B   7      -4.120-6.441   5.0331.000.00         C
ATOM   45CG2 VAL B   7      -2.585-4.994   6.3531.000.00         C
ATOM   46N   DVA B   8      -2.512-6.569   1.6901.000.00         N
ATOM   47CADVA B   8      -2.916-6.643   0.2761.000.00         C
ATOM   48CBDVA B   8      -4.346-7.217   0.1171.000.00         C
ATOM   49CG1 DVA B   8      -5.407-6.406   0.8781.000.00         C
ATOM   50CG2 DVA B   8      -4.762-7.249-1.3661.000.00         C
ATOM   51C   DVA B   8      -1.898-7.471-0.5291.000.00         C
ATOM   52O   DVA B   8      -1.895-8.699-0.4431.000.00         O
ATOM   53N   TRP B   9      -1.073-6.811-1.3531.000.00         N
ATOM   54CATRP B   9      -0.197-7.450-2.3391.000.00         C
ATOM   55C   TRP B   9       1.255-6.938-2.2571.000.00         C
ATOM   56O   TRP B   9       1.487-5.756-2.0101.000.00         O
ATOM   57CBTRP B   9      -0.791-7.242-3.7421.000.00         C
ATOM   58CGTRP B   9      -0.016-7.880-4.8571.000.00         C
ATOM   59CD1 TRP B   9      -0.148-9.158-5.2791.000.00         C
ATOM   60CD2 TRP B   9       1.064-7.306-5.6521.000.00         C
ATOM   61NE1 TRP B   9       0.751-9.413-6.2961.000.00         N
ATOM   62CE2 TRP B   9       1.534-8.307-6.5601.000.00         C
ATOM   63CE3 TRP B   9       1.715-6.047-5.6831.000.00         C
ATOM   64CZ2 TRP B   9       2.587-8.067-7.4621.000.00         C
ATOM   65CZ3 TRP B   9       2.769-5.793-6.5881.000.00         C
ATOM   66CH2 TRP B   9       3.205-6.800-7.4761.000.00         C
ATOM   67N   DLE B10       2.229-7.826-2.5041.000.00         N
ATOM   68CADLE B10       3.663-7.527-2.5481.000.00         C
ATOM   69CBDLE B10       4.281-8.165-3.8091.000.00         C
ATOM   70CGDLE B10       5.766-7.815-4.0391.000.00         C
ATOM   71CD1 DLE B10       6.288-8.599-5.2531.000.00         C
ATOM   72CD2 DLE B10       5.975-6.312-4.2731.000.00         C
ATOM   73C   DLE B10       4.346-8.006-1.2551.000.00         C
ATOM   74O   DLE B10       4.864-9.122-1.1951.000.00         O
ATOM   75N   TRP B11       4.349-7.156-0.2211.000.00         N
ATOM   76CATRP B11       5.026-7.388   1.0581.000.00         C
ATOM   77C   TRP B11       4.122-7.105   2.2731.000.00         C
ATOM   78O   TRP B11       3.146-6.360   2.1941.000.00         O
ATOM   79CBTRP B11       6.314-6.545   1.1021.000.00         C
ATOM   80CGTRP B11       7.316-6.842   0.0221.000.00         C
ATOM   81CD1 TRP B11       7.891-8.046-0.1991.000.00         C
ATOM   82CD2 TRP B11       7.839-5.957-1.0171.000.00         C
ATOM   83NE1 TRP B11       8.739-7.977-1.2851.000.00         N
ATOM   84CE2 TRP B11       8.747-6.710-1.8291.000.00         C
ATOM   85CE3 TRP B11       7.644-4.596-1.3621.000.00         C
ATOM   86CZ2 TRP B11       9.430-6.143-2.9211.000.00         C
ATOM   87CZ3 TRP B11       8.325-4.015-2.4561.000.00         C
ATOM   88CH2 TRP B11       9.218-4.785-3.2321.000.00         C
ATOM   89N   DLE B12       4.478-7.699   3.4181.000.00         N
ATOM   90CADLE B12       3.815-7.517   4.7101.000.00         C
ATOM   91CBDLE B12       4.891-7.387   5.8071.000.00         C
ATOM   92CGDLE B12       5.923-6.264   5.5551.000.00         C
ATOM   93CD1 DLE B12       5.269-4.886   5.3741.000.00         C
ATOM   94CD2 DLE B12       6.918-6.212   6.7241.000.00         C
ATOM   95C   DLE B12       2.823-8.668   4.9741.000.00         C
ATOM   96O   DLE B12       3.159-9.643   5.6461.000.00         O
ATOM   97N   TRP B13       1.599-8.549   4.4401.000.00         N
ATOM   98CATRP B13       0.484-9.481   4.6471.000.00         C
ATOM   99C   TRP B13      -0.432-9.576   3.4091.000.00         C
ATOM    100O   TRP B13      -0.697-8.579   2.7391.000.00         O
ATOM    101CBTRP B13      -0.322-9.048   5.8871.000.00         C
ATOM    102CGTRP B13       0.417-9.111   7.1941.000.00         C
ATOM    103CD1 TRP B13       0.522 -10.204   7.9831.000.00         C
ATOM    104CD2 TRP B13       1.218-8.075   7.8431.000.00         C
ATOM    105NE1 TRP B13       1.316-9.925   9.0771.000.00         N
ATOM    106CE2 TRP B13       1.783-8.628   9.0361.000.00         C
ATOM    107CE3 TRP B13       1.543-6.729   7.5391.000.00         C
ATOM    108CZ2 TRP B13       2.623-7.884   9.8861.000.00         C
ATOM    109CZ3 TRP B13       2.386-5.973   8.3841.000.00         C
ATOM    110CH2 TRP B13       2.925-6.548   9.5541.000.00         C
ATOM    111N   DLE B14      -0.942 -10.785   3.1321.000.00         N
ATOM    112CADLE B14      -1.907 -11.086   2.0701.000.00         C
ATOM    113CBDLE B14      -3.152 -11.759   2.6841.000.00         C
ATOM    114CGDLE B14      -3.880 -10.920   3.7551.000.00         C
ATOM    115CD1 DLE B14      -4.374-9.572   3.2071.000.00         C
ATOM    116CD2 DLE B14      -5.074 -11.718   4.2991.000.00         C
ATOM    117C   DLE B14      -1.270 -11.976   0.9821.000.00         C
ATOM    118O   DLE B14      -1.190 -13.193   1.1501.000.00         O
ATOM    119N   TRP B15      -0.840 -11.379-0.1391.000.00         N
ATOM    120CATRP B15      -0.378 -12.088-1.3421.000.00         C
ATOM    121C   TRP B15       0.834 -11.412-2.0201.000.00         C
ATOM    122O   TRP B15       1.325 -10.375-1.5771.000.00         O
ATOM    123CBTRP B15      -1.569 -12.235-2.3111.000.00         C
ATOM    124CGTRP B15      -2.763 -12.957-1.7511.000.00         C
ATOM    125CD1 TRP B15      -2.881 -14.299-1.6281.000.00         C
ATOM    126CD2 TRP B15      -3.969 -12.397-1.1481.000.00         C
ATOM    127NE1 TRP B15      -4.075 -14.616-1.0111.000.00         N
ATOM    128CE2 TRP B15      -4.783 -13.478-0.6831.000.00         C
ATOM    129CE3 TRP B15      -4.456 -11.083-0.9311.000.00         C
ATOM    130CZ2 TRP B15      -6.017 -13.269-0.0391.000.00         C
ATOM    131CZ3 TRP B15      -5.698 -10.861-0.2951.000.00         C
ATOM    132CH2 TRP B15      -6.475 -11.950   0.1551.000.00         C
ATOM    133CAETA B16       2.416 -11.475-3.9191.000.00         C
ATOM    134N   ETA B16       1.320 -12.008-3.1161.000.00         N
ATOM    135CBETA B16       2.559 -12.262-5.2271.000.00         C
ATOM    136O   ETA B16       3.528 -11.647-6.0511.000.00         O
END

shjwu 发表于 2014-5-3 10:19:52

只要帮我看看Charmm力场残基的甲酰胺部分(CN O1 H1)和我加了标注的地方有没有问题就可以啦,别的地方是从缬氨酸拷过来的,应该不会有问题的。谢谢啦!

shjwu 发表于 2014-5-6 04:13:16

终于找到问题的所在了,各位看官请注意:top文件的第四行本来应该是“ATOM”,写成了“AOTM”;就这么小的一个错误,让我忙活了好几天。真是千里长堤,溃于蚁穴,教训深刻呀!!!
页: [1]
查看完整版本: Charmm力场残基调不出来!!!