考拉猪 发表于 2014-3-31 21:55:28

蛋白与配体间氢键作用

想问下，做分子对接后，蛋白与配体之间氢键有好几条，到模拟之后，氢键都消失了，体系中只剩下配体与水之间的氢键作用。求指导，看下怎么回事？

墨竹晓风 发表于 2014-4-1 10:34:52

本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-4-1 10:36 编辑

从理论来说，只是说明对接的结果不准确，更合理的情况是动力学得到的结果。当然，这是基于你的对接和动力学过程都正确的前提。

hydrolase 发表于 2014-4-2 11:27:45

做对接的时候，水分子不是要删除的吗？

川大-灰太狼 发表于 2014-4-4 10:11:32

墨兄评论得非常到位：）分子对接是个技术活，不是胡乱对接就能得到结果的。也不仅仅是使用软件那么简单。

leos 发表于 2014-4-6 04:34:00

小分子力场有问题么~~

大工-阿里巴巴 发表于 2014-4-6 09:57:58

hydrolase 发表于 2014-4-2 11:27 static/image/common/back.gif
做对接的时候，水分子不是要删除的吗？

涉及底物相互作用的结晶水分子可以保留的
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