论坛 › 【分析与作图软件】 › 利用pymol和gromacs的轨迹进行动态观察并制作动画的办法

大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-5 22:21:55

showerywong 发表于 2015-1-5 21:23
楼主好，我想问一下~conf0.pdb是跑分子动力学时输入的那个pdb文件吗？还是动力学开始跑以后生成的第一个构 ...

动力学开始跑以后生成的第一个构象

showerywong 发表于 2015-1-5 22:36:03

谢谢楼主:lol

showerywong 发表于 2015-1-6 14:12:29

请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100有这个错误呢，楼主，我想我是唯一一个没有测试成功的吧，ObjectMolecule: plugin 'xtc' cannot open file because the number of atoms in the object (3543) did not equal the number of atoms in the 'xtc' (65094) file.

大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-6 16:28:22

showerywong 发表于 2015-1-6 14:12
请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100有这个错误呢 ...

很明显的，你的pdb不含水分子，所以总的数目比XTC少了很多，正确的做法是不删除pdb中的水分子，这样的话原子数才是一样的

showerywong 发表于 2015-1-7 11:53:11

{:3_41:}谢谢楼主！

winterhell 发表于 2015-10-19 01:12:03

最近我的pymol用这种方式打不开了，纠结半天后发现必须定义一下文件格式才行，命令如下：
load xxx.top,mov,format=top      ###pymol要求载入轨迹前要先载入拓扑文件，除非后缀是top，后缀是prmtop的话除非定义一下格式，否则是不认的（不知是不是只有我有这个情况）
load_traj md.mdcrd,mov,format=trj   ###此处纠结半天，发现哪怕是trj后缀都得定义一下格式。
献丑了，希望能给遇到跟我同样问题的同学有帮助。

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