yanz 发表于 2014-3-18 15:27:29

Autodock做三者对接的问题

请问一下，Autodock可以做三者对接吗？想看在药物分子A存在与否的条件下，B与C的结合情况，如何将A、B、C三者对接在一起看三者之间的相互作用？

川大-灰太狼 发表于 2014-3-19 09:32:47

方法：挨个对接进去。
难点：确定第一个分子的构型及与蛋白的结合模式，确定第二个分子与第一个分子和蛋白的结合模式，确定第三个分子与第一和二个分子及蛋白的结合模式。

yanz 发表于 2014-3-19 10:29:37

川大-灰太狼 发表于 2014-3-19 09:32 static/image/common/back.gif
方法：挨个对接进去。
难点：确定第一个分子的构型及与蛋白的结合模式，确定第二个分子与第一个分子和蛋白 ...

多谢狼哥！

autoliu 发表于 2014-10-28 21:31:16

川大-灰太狼 发表于 2014-3-19 09:32
方法：挨个对接进去。
难点：确定第一个分子的构型及与蛋白的结合模式，确定第二个分子与第一个分子和蛋白 ...

求助，怎么挨个对接进去啊，第三个分子是当配体还是受体进去呢

川大-灰太狼 发表于 2014-10-28 23:11:22

autoliu 发表于 2014-10-28 21:31
求助，怎么挨个对接进去啊，第三个分子是当配体还是受体进去呢

把第一个分子和蛋白当作一个整体的受体，把第二分子对接进去。依次类推！

浪模拟 发表于 2014-10-29 09:54:02

就是在一个格子里把所有东西都放进去，出来什么就是什么

autoliu 发表于 2014-10-29 15:40:19

川大-灰太狼 发表于 2014-10-28 23:11
把第一个分子和蛋白当作一个整体的受体，把第二分子对接进去。依次类推！ ...

哦，谢谢，将第一个分子和蛋白做一个整体用write complex保存还是write current保存呢
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