开心果 发表于 2014-3-8 10:48:03

autodock4.2对接准备gpf文件时出现错误

大家好我在准备.gpf文件在最后save gpf时出现错误刚接触这个软件不太清楚这个是出现什么错误了 谢谢热心人了哦！

川大-灰太狼 发表于 2014-3-9 02:04:56

这种错误不好说，我估计是你前面都没有准备好，记住小分子和大分子都要赋予AD原子类型，然后才能保存。

开心果 发表于 2014-3-9 12:55:10

谢谢哦你所说的AD原子类型是grid-directly中设置的吗？ 我用的是autodock4所以我在grid-directly中把所需的22个原子类型都填上去了呀   我准备受体是File-Read Molecule----Edit-Hydrogens-Add-Polar Only----Edit-Atoms-Assign AD4 type-----Edit-Charges-Add Kollman Charges----Color-by atom type----File-Save-WritePDBQT
准备配体Ligand-input-open----torsion tree-Choose root---torsion tree-Detect root----Output --save as PDBQT
准备gpf文件Grid-Mcromolecular -open-NO
                Grid-Set Map Types-Directly(把22个原子类型都添上了 -Accept)
                Grid-Set Map Types-open ligand
                Grid-Grid Box(设置盒子等)
                Grid-Output-Save GPF
这个就是我大体的流程了 结果就显示了上面的错误！

川大-灰太狼 发表于 2014-3-9 19:03:43

开心果 发表于 2014-3-9 12:55 static/image/common/back.gif
谢谢哦你所说的AD原子类型是grid-directly中设置的吗？ 我用的是autodock4所以我在grid-directly中把所 ...

不是哈！是在Edit 里面的 Atoms， AD4 type 。

开心果 发表于 2014-3-10 08:38:34

o好的 谢谢哦 我试一下:)

老坛泡菜 发表于 2014-4-11 09:17:46

遇到相同的问题，请问解决了吗？

开心果 发表于 2014-4-23 14:50:49

老坛泡菜 发表于 2014-4-11 09:17 static/image/common/back.gif
遇到相同的问题，请问解决了吗？

o不好意思 好久没有上论坛了 解决了 就是我们要处理文件要放到英文目录下 要不然好像autodock 对路径有要求 就不能生成GPF文件
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