shjwu 发表于 2014-3-4 02:14:19

同源建模，缺失部分怎么填补

同源建模，模板和target经过aligment对齐后，如果模板或target中间有缺失，那么缺失部分，建模软件会拿什么填充？比如，
target:    AGFVI- -VPPHTVQ
template:RGLEICCVGPFTNM
与模板相比，target有两个氨基酸的缺失，那么与模板相对应的这两个氨基酸的结构怎么安排，总不能断开吧？

shjwu 发表于 2014-3-4 02:16:05

target:      AGFVI- -VPPHTVQ
template:RGLEICCVGPFTNM

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-4 09:18:32

shjwu 发表于 2014-3-4 02:16 static/image/common/back.gif
target:      AGFVI- -VPPHTVQ
template:RGLEICCVGPFTNM

如果是单模板建模的话，这段缺失的loop会被直接模建出来，如果短的话，结果还是有一定可信度的，但是我建议你做下多模板的同源模建，通过多序列比对找下看有木有能够覆盖这段gap的结构。

shjwu 发表于 2014-3-5 01:05:42

这个loop是怎么模建出来的，用模板的氨基酸替代target？比如上面的序列，是在target上面插入CC这两个氨基酸吗？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-5 09:56:12

shjwu 发表于 2014-3-5 01:05 static/image/common/back.gif
这个loop是怎么模建出来的，用模板的氨基酸替代target？比如上面的序列，是在target上面插入CC这两个氨基酸 ...

肯定不是cc,你的目标对应的这段是短的，所以应该是I和V直接连起来的，如果反过来，你的target比template的某个部分长出来，应该是根据二级结构的预测，去估计你长出来的这段的三级结构的。

MYM 发表于 2014-3-5 12:16:06

牛逼，好东西呢

shjwu 发表于 2014-3-5 20:48:59

哦 明白了。谢谢！

qiujingwen90 发表于 2014-3-6 10:26:07

请问大神“多模板的同源模建”具体怎么个做法？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-6 10:58:20

qiujingwen90 发表于 2014-3-6 10:26 static/image/common/back.gif
请问大神“多模板的同源模建”具体怎么个做法？

分软件哈~比如你用easymodeller,是你前期通过blsat在PDB数据库里寻找和你蛋白序列一致性最高的几个结构。看看他们的序列与你的序列的比对情况，重点考察PDB结构是否包含底物，活性位点附近的残基保守性如何等等，然后从中挑出多个模板，放进easymodeller里进行多序列建模
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