肉多求和谐 发表于 2014-2-28 23:14:22

同一蛋白质，怎样模建出对它进行单分子拉伸之后的结构？

已知一个蛋白质的PDB，实验上用原子力显微镜AFM对它进行了拉伸，现在想用GROMACS模拟这个过程，但是没有拉伸之后的那个结构PDB，我该怎么模建出这个拉伸之后的结构呢？

肉多求和谐 发表于 2014-2-28 23:15:07

或者怎样能得到这个结构呢

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-1 16:02:17

这个想法挺有意思的，模拟上应该是给蛋白施加一个力，同时固定蛋白质的部分区域，利用SMD去做这样的模拟。拉伸之后的结构应该是你的模拟目的，而不是模拟之前就存在的

肉多求和谐 发表于 2014-3-1 20:10:36

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-1 16:02 static/image/common/back.gif
这个想法挺有意思的，模拟上应该是给蛋白施加一个力，同时固定蛋白质的部分区域，利用SMD去做这样的模拟。 ...

Steered Molecular Dynamics？其实是这样，这个拉伸是个实验文章，我们是看了这文章之后想通过模拟进一步了解这个酶，而且想用structure-based model，所以我才想先找到这个结构。

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-1 20:32:11

肉多求和谐 发表于 2014-3-1 20:10 static/image/common/back.gif
Steered Molecular Dynamics？其实是这样，这个拉伸是个实验文章，我们是看了这文章之后想通过模拟进一步 ...

通过实验拉伸得到的蛋白结构是没法进行X-射线颜色结晶的呀~所以这个结构肯定是不会有被解析出来的3D结构的啊

肉多求和谐 发表于 2014-3-1 21:41:05

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-1 20:32 static/image/common/back.gif
通过实验拉伸得到的蛋白结构是没法进行X-射线颜色结晶的呀~所以这个结构肯定是不会有被解析出来的3D结构 ...

那我如果要strucuture-based找结构去模拟，我应该去找些什么样的结构呢

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-2 01:01:51

肉多求和谐 发表于 2014-3-1 21:41 static/image/common/back.gif
那我如果要strucuture-based找结构去模拟，我应该去找些什么样的结构呢

什么结构都可以的呀~这样吧，你有时间在群里找我，我叫阿里巴巴~哈哈

肉多求和谐 发表于 2014-3-2 09:00:13

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-2 01:01 static/image/common/back.gif
什么结构都可以的呀~这样吧，你有时间在群里找我，我叫阿里巴巴~哈哈

好的 万分感谢
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