light 发表于 2014-11-26 11:03
大神能帮我看下，我的安装是哪里出错了吗。。
不知道你的gfortran是否安装完好？
果冻 发表于 2014-11-26 21:26
版主，怎样让gromacs生成静态库编译
在安装g_mmpbsa的时候，--with-gmx-lib这个命令找不到文件，是不是GMX ...
整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？
eming 发表于 2014-11-26 21:56
整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？
我安装gromacs的时候用了。/configure
没有用cmake
应该是这里出错了，我去改回来
eming 发表于 2014-11-26 21:56
整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？
现在终于安装好了
谢谢你的帖子
先收藏，慢慢研究，大神之作。飞天:)
van der Waal energy = -240.118 +/- 18.741 kJ/mol
Electrostattic energy = -3204.902 +/- 79.035 kJ/mol
Polar solvation energy = 1051.308 +/- 41.322 kJ/mol
SASA energy = -24.182 +/- 0.938 kJ/mol
Binding energy = -2417.894 +/- 58.186 kJ/mol
飞天哥能不能帮我看下我这个结果，算得还算正常吗
您好，实在是着急又找不到资料，所以跑来特地向您请教一个问题：我想做一个蛋白质-配体复合体的动力学模拟，用PBSA来计算受体和配体之间的作用力大小；现在蛋白质在远离活性位点的一个位置上缺失一小段肽链（主链，包括七个氨基酸残基）。请问是否可以直接做动力学模拟？如需补全肽链，是否有推荐的软件？
先谢谢您啊！
fanc232 发表于 2015-3-12 11:01
您好，实在是着急又找不到资料，所以跑来特地向您请教一个问题：我想做一个蛋白质-配体复合体的动力学模拟 ...
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280
eming 发表于 2015-3-16 04:33
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280
太好了，谢谢啊大神！
请问一下在运行完PB计算以后得到的.dat文件里每个氨基酸某一帧得到的数值代表的是什么啊？