AMBER11在ubuntu12.04下的安装（综合网上流行的教程，并亲测）
非完全原创，乃是来至于综合网上各种教程，并安装5，6台ubuntu经验所得感谢所有AMBER前辈无私分享sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev libbz2-dev1. 下面在soft文件夹中解压amber11和Tools。tar xvfj Amber11.tar.bz2
tar xvfj AmberTools-1.5.tar.bz2openMPI安装./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
make all
make install然后设置环境变量：打开ubuntu目录下的.bashrc文件，在最后面添加export AMBERHOME=/home/ubuntu/soft/amber11 #注释：ubuntu改为你的用户名
export PATH=$PATH: /home/ubuntu/soft/amber11/exe
export MPI_HOME=/usr/local/openmpi#注释：此处/usr是并行管理器的安装路径,以下三行用途一样
export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib:$ LD_LIBRARY_PATH 保存退出，source .bashrc使之生效。
2. 然后到http://ambermd.org/bugfixesat.htm 下载Tools的补丁，放到amber11文件夹下cd $AMBERHOME
patch -p0 -N < bugfix.allhttp://ambermd.org/bugfixes11.html 下载amber11 的补丁，放到soft文件夹下，cd /soft
chmod 700 apply_bugfix.x
./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz23. 以下就是安装amber11了。cd amber11/AmberTools/src
./configure gnu 进入/src/gleap/mortsrc/common/fortran.cpp 添加头文件#include <cstdio> 3 把生成的config.h里面 MAKE_XLEAP=skip_xleap改成MAKE_XLEAP=install_xleapmake serial
cd ../../
./AT15_Amber11.py
cd src
make serial最后出现时间日期。make test下面安装并行的ambercd AmberTools/src
make clean
./configure -mpi gnu
make parallel
cd ../../
./AT15_Amber11.py
cd src
make clean
make parallel在bashrc中添加 export DO_PARALLEL=’mpirun –np 2’
make test.parallel
至此安装完毕。
呵呵，还是好贴！想当初安装Amber折腾了我几周时间 呵呵 才装在了Centos5.5上 :)不错 不错 正想试试呢！非常感谢！
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