关于PyRx运行autodock
使用PyRx使用autodock后显示以下错误Error parsing C:\Users\Yepeng\.mgltools\PyRx\Macromolecules\2ou2_1\zinc_8442276_model2\2ou2_1_zinc_8442276_model2.dlgPlease open that dlg file with a text editor and look for error messages or any other message that would give a clue as to what's wrong with the dlg.
The following is the Exception:
Docking instance has no attribute 'ligMol'
运行autogrid已经成功了，不知道为何无法运行autodock
哪位高手帮帮忙
请问一下你关于docking instance has no attribute 'ligmol'的问题解决了吗？ 小分子的原子类型不支持 墨竹晓风 发表于 2014-1-12 12:02 static/image/common/back.gif
小分子的原子类型不支持
您好 我的化合物里面有C, O, N, S 这四种原子 哪一个原子不支持？S吗？ 我也遇到过同样的问题，从zinc数据库下载几千个分子去筛选。如果是原子类型不能被识别的话，应该用什么转化为pdbqt呢？ 不经意间的呐喊 发表于 2014-1-13 19:25 static/image/common/back.gif
我也遇到过同样的问题，从zinc数据库下载几千个分子去筛选。如果是原子类型不能被识别的话，应该用什么转化 ...
建议大家下载zinc分子库的时候 尽量下载 mol2格式的，而不是sdf格式，这样pdbat转换的时候基本不会出错。 sunnyboyluan 发表于 2014-1-13 10:51 static/image/common/back.gif
您好 我的化合物里面有C, O, N, S 这四种原子 哪一个原子不支持？S吗？
这几个原子都支持的。检查原子类型是否正确。或者如5#狼哥所说 川大-灰太狼 发表于 2014-1-14 09:34 static/image/common/back.gif
建议大家下载zinc分子库的时候 尽量下载 mol2格式的，而不是sdf格式，这样pdbat转换的时候基本不会出错。 ...
狼哥，我下载的就是mol2格式的，然后用raccoon转化为pdbqt。 PYRX走autodock对接的时候总是会出现docking instance has no attribute“ligmol”。。有什么其中我没注意的地方吗？用vina的话不会出错。 不经意间的呐喊 发表于 2014-1-14 10:56 static/image/common/back.gif
狼哥，我下载的就是mol2格式的，然后用raccoon转化为pdbqt。 PYRX走autodock对接的时候总是会出现docki ...
为什么要用caccon转换为pdbqt呢，pyrx不能用mol2？ 川大-灰太狼 发表于 2014-1-14 11:03 static/image/common/back.gif
为什么要用caccon转换为pdbqt呢，pyrx不能用mol2？
能的。但是筛选1000个分子的话，都手动去在pyrx去点的话不方便吧。。能够集体转化吗
？ 不经意间的呐喊 发表于 2014-1-14 11:06 static/image/common/back.gif
能的。但是筛选1000个分子的话，都手动去在pyrx去点的话不方便吧。。能够集体转化吗
？ ...
那你先试试 sdf的格式呢：）pyrx可以直接用的。
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