开心果 发表于 2014-1-11 17:47:22

vina对接问题

大家好   我对接后提示Parse error on line 2 in file "liu.pdbqt": Unknow or inappropriate tag然后我看了一下我的受体文件第二行没有发现什么错误呀 哪位高手知道这是什么原因啊   谢谢{:soso_e100:}

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:37:33

我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:40:29

你光发一个蛋白的pdbqt上来有什么用呢？配体都没有，你这是要做什么呢？？疑惑ing

开心果 发表于 2014-1-17 16:26:51

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:37 static/image/common/back.gif
我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！ ...

:)谢谢哦我就是做一下对接总是遇到这类问题可能是受体的结构处理的不对 可是我一般不太会处理结构 每次都是有autodock4   File--Read Molecule读入输入受体的pdb文件然后再Edit下依次的Hydrogens--Add--Polar only;Atoms---Assign AD4 type;Charges---Add Kollman Charges.再Color---by Atom Type最后保存为pdbqt的格式作为vina的输入文件今天做对接的时候又遇到了这样的问题
Parse error on line 603 in file "2LFM.pdbqt": Unknown or inappropriate tag然后我老师给我重新处理了一下就可以了 我看了 用写字板看的发现处理后文件中多了一个原子是第68号原子是精氨酸上的氢原子但是我不知道老师是怎么处理的 老师最近忙顾不上我所以请教高手您

开心果 发表于 2014-1-17 16:35:31

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:37 static/image/common/back.gif
我没有怎么用过vina，不过建议你可以使用Pyrx来做vina和autodock对接，更简单！ ...

哦 忘了我把受体和配体文件给您看一下啊   谢谢您热心帮忙{:soso_e100:}

川大-灰太狼 发表于 2014-10-24 10:01:00

经实践，发现这个问题是pdb文件存在格式上的问题，可以使用pymol等其他软件导入蛋白结构文件后，重新保存为pdb格式即可解决！
参考：http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=12&t=817
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