川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22 static/image/common/back.gif
如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！ ...
我直接就把所有的键选择为non-rotatable，再往下做的，听他们说这样可行，您看看行吗？
暗地纯白 发表于 2014-1-13 09:41 static/image/common/back.gif
我直接就把所有的键选择为non-rotatable，再往下做的，听他们说这样可行，您看看行吗？ ...
可以做，但接下来你还是要做做MD才比较稳当，和有说服力。
旋转键太多的话，只做对接的结果不太靠谱。建议用MD
川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22 static/image/common/back.gif
如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！ ...
假若我上述步骤可行的话，之前一开始的问题
在准备配体：ligand /Torsin tree / Detect Root 这一步之后提示autoroot not implemented for moclecules with 〉1 chian？
我是不是要删掉两条链中的一条？还是有其他的方法？
川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:42 static/image/common/back.gif
可以做，但接下来你还是要做做MD才比较稳当，和有说服力。
哦，太谢谢了:lol
墨竹晓风 发表于 2014-1-13 09:47 static/image/common/back.gif
旋转键太多的话，只做对接的结果不太靠谱。建议用MD
谢谢指点:P
暗地纯白 发表于 2014-1-13 09:49 static/image/common/back.gif
假若我上述步骤可行的话，之前一开始的问题
在准备配体：ligand /Torsin tree / Detect Root 这一步之后 ...
如果你坚持用抗体来对接蛋白，那就只能分开来，一条链AD识别为一个配体。先对接第一条链，H链或者L链，然后对接第二条。
川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 10:16 static/image/common/back.gif
如果你坚持用抗体来对接蛋白，那就只能分开来，一条链AD识别为一个配体。先对接第一条链，H链或者L链，然 ...
我的受体在文献中报到是两条链同时配体结合的，现在分开再对接可行吗？如下：
如果要分开，现在这个抗体我已经进行了gromacs的能量最小化，是直接把它分开为两条链，还是一开始就先分开之后再进行能量最小化？
暗地纯白 发表于 2014-1-13 10:31 static/image/common/back.gif
我的受体在文献中报到是两条链同时配体结合的，现在分开再对接可行吗？如下：
如果要分开，现在这个抗体 ...
呵呵 你就变通下吧，抗体作为蛋白，另外个蛋白作为配体，这样你就不用分链对接了哈：）
川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 10:38 static/image/common/back.gif
呵呵 你就变通下吧，抗体作为蛋白，另外个蛋白作为配体，这样你就不用分链对接了哈：） ...
当时我就是根据这个图以H3的原子坐标设计盒子，变换过来之后我以234的原子坐标设计盒子，可行吗？