暗地纯白 发表于 2014-1-10 23:10:25

Autodock做抗体对接的问题

小弟配体制备过程中，ligand /Torsin tree / Detect Root之后提示autoroot not implemented for moclecules with 〉1 chian？
   我是不是要删掉两条链中的一条？
    谢谢指点

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 12:24:52

你的配体是什么东西？怎么会有两条链？把你的配体结构发来看看。

暗地纯白 发表于 2014-1-11 12:33:56

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 12:24 static/image/common/back.gif
你的配体是什么东西？怎么会有两条链？把你的配体结构发来看看。

是一个单克隆抗体，有L链和H链。
   我之前做过一次的，没有这样的提示啊，不知道为什么这次就不行。

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 12:39:40

暗地纯白 发表于 2014-1-11 12:33 static/image/common/back.gif
是一个单克隆抗体，有L链和H链。
   我之前做过一次的，没有这样的提示啊，不知道为什么这次就不行。 ...

你是做蛋白-蛋白 对接？

暗地纯白 发表于 2014-1-11 13:28:44

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 12:39 static/image/common/back.gif
你是做蛋白-蛋白 对接？

恩
是的 似乎Zdock好些，可是不会用

飞毛腿 发表于 2014-1-11 13:43:48

暗地纯白 发表于 2014-1-11 12:33 static/image/common/back.gif
是一个单克隆抗体，有L链和H链。
   我之前做过一次的，没有这样的提示啊，不知道为什么这次就不行。 ...

做蛋白-蛋白对接不要用autodock

暗地纯白 发表于 2014-1-11 14:44:31

飞毛腿 发表于 2014-1-11 13:43 static/image/common/back.gif
做蛋白-蛋白对接不要用autodock

用什么，Zdock？

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 18:44:30

暗地纯白 发表于 2014-1-11 14:44 static/image/common/back.gif
用什么，Zdock？

zdock， Hex rosetta 等都可以。Autodock因为有柔性键的限制，不太适合！

暗地纯白 发表于 2014-1-12 22:24:13

川大-灰太狼 发表于 2014-1-11 18:44 static/image/common/back.gif
zdock， Hex rosetta 等都可以。Autodock因为有柔性键的限制，不太适合！

如果实在用Autodock，结果可靠吗？

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22:17

暗地纯白 发表于 2014-1-12 22:24 static/image/common/back.gif
如果实在用Autodock，结果可靠吗？

如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！
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