fenzimoni 发表于 2014-1-7 13:36:17

Amber动力学结果分析

大家好！我用Amber模拟了一个蛋白的构象变化，这个蛋白包含两个亚基，在模拟过程中发现这两个亚基发生了刚性的相对旋转，即twisting，请问大家：我如何能表征出这样的相对旋转？？我看文献可以用角度，但是我不知道什么样的角度适合。还有，在amber里面可以定义蛋白每个亚基的主成分轴吗？？如果可以，用两个亚基主成分轴的夹角也可以进行表征。感谢大家的耐心解答！

北京-构效 发表于 2014-1-7 20:28:45

用二面角多一些

fenzimoni 发表于 2014-1-8 10:43:00

北京-构效 发表于 2014-1-7 20:28 static/image/common/back.gif
用二面角多一些

请问一下如何选择这样的一个二面角？？
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