DIY工作站的Amber12 MD测试结果
DIY的工作站的主要配置如此贴 http://bioms.org/thread-999-1-1.html主要硬件参数：
CPU E5-2670 （2.6GHz 8核心 16线程）
NVIDIA GTX TITAN （GK110 流处理器2688个，显存 DDR5 6G，双精度）
Linux系统：Centos6.5 64位
测试软件：Amber12
编译软件：GNU
NVIDIA显卡驱动型号：Linux 64-bit 331.20
CUDA驱动型号：CUDA 5.5
测试内容：Amber的 Benchmarks中的肌红蛋白MD。
Myoglobin = 304 atoms
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=10000,dt=0.002,ntb=0,
ntf=2,ntc=2,tol=0.000001,
ntpr=1000, ntwx=1000, ntwr=50000,
cut=9999.0, rgbmax=15.0,
igb=1,ntt=0,nscm=0,
/
结果：
2颗CPU（E5-2670 2.6GHz 8核心 16线程） 共计32线程，并行运算速度为：1.2ns /天
1块 GTX TITAN，GPU运行速度为：203ns/天
比amber自己对GTX TITAN的测试还稍微好点，估计是CUDA Toolkit用的5.5。
如果大家对NVIDIA的这款GTX TITAN GPU显卡感兴趣，看下帖：
请问楼主测试的是单精度的吗？
测试过Amber 的双精度没？加速效果如何？ amberGPU运算加这么多？ 赞扬灰大大成果。。。。。。。。。。。 尐狐 发表于 2014-1-2 10:24 static/image/common/back.gif
赞扬灰大大成果。。。。。。。。。。。
欢迎大家参与讨论！ 据说关闭CPU多线程，amber速度会加快，不知道灰太狼有木有试过呢？ 碧海蓝天 发表于 2014-1-2 10:44 static/image/common/back.gif
据说关闭CPU多线程，amber速度会加快，不知道灰太狼有木有试过呢？
关闭超线程还没有试过呢：）看来超线程 也未必好用呀。 本帖最后由 syjohn 于 2014-1-3 09:03 编辑
太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号
这样跟别的教程可能就具有更加具体的可比性
哦还有就是显卡的具体配置参数 呵呵 syjohn 发表于 2014-1-3 09:01 static/image/common/back.gif
太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号
恩非常好的建议：我已经更新。
呵呵，软件的安装过程 准备单独列出来哈。 川大-灰太狼 发表于 2014-1-3 09:05 static/image/common/back.gif
恩非常好的建议：我已经更新。
呵呵，软件的安装过程 准备单独列出来哈。 ...
Myoglobin = 304 atoms 是不是residues 挖比特贝的机器啊？多少钱？ 数据挖掘 发表于 2014-1-3 20:08 static/image/common/back.gif
挖比特贝的机器啊？多少钱？
哈哈 你也想去挖挖比特币呀！只是电费都不够用呀。
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