暗地纯白 发表于 2013-12-26 23:54:11

打开dlg格式文件是出错？

求教大侠些，小弟我在生成dlg格式文件之后，接着分析时，打开dlg格式文件是出错，错误如下：
Traceback (most recent call last):
File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
File "G:\biology software\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'


   请问是怎么回事？

天理-小新 发表于 2013-12-27 11:52:18

先用文本编辑器打开的你dlg文件，看看文件最后是不是运行成功了，如果是运行成功了。应该是你分析的时候有载入文件的顺序有问题，请先载入dlg文件，然后载入打分子pdbqt文件。请最好按照标准操作做分析。

川大-灰太狼 发表于 2013-12-27 11:29:54

先打开受体大分子，然后再打开dlg文件。但win下的MGLTools，真不好回答哪里有问题。能用linux的系统的，特别是以后要一直从事这个研究方向的，建议大家尽早开始使用linux系统。

暗地纯白 发表于 2013-12-27 14:21:18

天理-小新 发表于 2013-12-27 11:52 static/image/common/back.gif
先用文本编辑器打开的你dlg文件，看看文件最后是不是运行成功了，如果是运行成功了。应该是你分析的时候有 ...

打开dlg文件之后，发现运行不成功，提示错误如下
FATAL ERROR: C:/Users/h/Desktop/93N2/autodock4.exe: I'm sorry; I can't find or open "st.maps.fld"
请问是我的"st.maps.fld"文件出了什么问题吗？

未央尊 发表于 2013-12-27 18:02:57

暗地纯白 发表于 2013-12-27 14:21 static/image/common/back.gif
打开dlg文件之后，发现运行不成功，提示错误如下
FATAL ERROR: C:/Users/h/Desktop/93N2/autodock4.exe: ...

你没有加路径。。。。。。

暗地纯白 发表于 2013-12-28 01:45:48

未央尊 发表于 2013-12-27 18:02 static/image/common/back.gif
你没有加路径。。。。。。

你所谓的加路径是在生成的dpf格式上添加路径吗？要是这一步的话，我单独添加了的。
如果不是这一步，望大侠不吝指点，给我说个详细一点的步骤。谢谢

laoman 发表于 2013-12-30 11:27:19

川大-灰太狼 发表于 2013-12-27 11:29 static/image/common/back.gif
先打开受体大分子，然后再打开dlg文件。但win下的MGLTools，真不好回答哪里有问题。能用linux的系统的，特 ...

大大，为什么linux系统下就比较好分析哪里出错啊？win下软件的安装和使用有时候是挺奇怪的。
同一个ADT软件，linux下计算的结果和win下计算的结果有什么不同？

川大-灰太狼 发表于 2013-12-30 16:24:14

laoman 发表于 2013-12-30 11:27 static/image/common/back.gif
大大，为什么linux系统下就比较好分析哪里出错啊？win下软件的安装和使用有时候是挺奇怪的。
同一个ADT软 ...

因为Linux的错误提示很准确，会在终端文本的告诉哪里出错了。但是windows不会有这样的提示，要么不运行，要么弹出来 内存出错！ 哈哈 你自己比较吧。

暗地纯白 发表于 2014-1-1 10:36:04

川大-灰太狼 发表于 2013-12-30 16:24 static/image/common/back.gif
因为Linux的错误提示很准确，会在终端文本的告诉哪里出错了。但是windows不会有这样的提示，要么不运行， ...

在分析结果的时候
ADT菜单：Analyze → Conformations → Load … 将对接结果及分子构象载入到图形窗口中，在弹出话框中单击列表中的相应分子构象编号后，上部可以显示分子构象的对接数据。但是双击，却不能将该分子构象载入到分子显示窗口中，并且提示错误如下：
ValueError: <AutoDockTools.Conformation.Conformation instance at 0x183f494c> is not in list
请问这是怎么回事？

天心弥 发表于 2014-3-6 00:15:28

和楼主问题一样，bantu终端./autodock4: I'm sorry; I can't find or open "ACHE_rigrid.HD.map"
./autodock4: FATAL ERROR: ./autodock4: I'm sorry; I can't find or open "ACHE_rigrid.HD.map"

./autodock4: Unsuccessful Completion.

求各位求大大求帮忙:'(
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