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关于对接结果评估的问题

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发表于 2013-10-12 09:49:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
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发表于 2013-10-12 10:20:20 | 显示全部楼层
1、审稿人的意见是非常正确的,分子对接得到的打分并不能很好的反应活性!你可以根据他的建议,建立一个分子数据库,包含活性分子和非活性分子。当然还可以对活性分子对接后,做出活性与打分的线性关系(但通常这样的只是发文章,实际结果活性与打分很少成线性关系)。
2、你这个也有点像做Decoy set ,做decoy可以选用DUD的库,有基于受体的也有基于配体的http://dud.docking.org/
 楼主| 发表于 2013-10-12 10:33:13 | 显示全部楼层
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发表于 2013-10-12 10:48:38 | 显示全部楼层
{:soso_e113:}不客气哈!加油
发表于 2013-10-14 09:07:05 | 显示全部楼层
。而审稿人在质疑DOCK6打分方式得到的候选药物可能是因为药物本身分子量大而导致打分好,或者是本身就比已知药物结合好这种情况


没看明白,本身就比已知药物结合好,不就是比已知药物活性好吗?  质疑什么呢?
发表于 2013-10-14 15:38:25 | 显示全部楼层
decoys(molecules which are presumably inactive against the examined target)
发表于 2013-10-15 12:09:15 | 显示全部楼层
通常来说,通过构建活性分子和非活性分子作为Validation dataset 来计算EF的值或是作出ROC的图算AUC值是比较有说服力的解决办法。非抑制剂分子用一般用ZINC中随机抽取的分子做就OK了。抑制剂和非抑制剂的比率大约在1:50左右就行了  
发表于 2013-10-15 14:42:50 | 显示全部楼层
ts2009 发表于 2013-10-15 12:09
通常来说,通过构建活性分子和非活性分子作为Validation dataset 来计算EF的值或是作出ROC的图算AUC值是比 ...

ROC用什么软件做的
发表于 2013-10-15 18:19:54 | 显示全部楼层
发表于 2013-10-16 08:40:43 | 显示全部楼层
ts2009 发表于 2013-10-15 18:19
http://zhidao.baidu.com/link?url=LZsjfHvKJhB0FBDUIA4z7hFUKqeXwFtHbtSU22M465VpFJBwrT7fP54Ks9xfcTfIC ...

多谢   帅哥
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