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[NAMD] namd算结合自由能

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发表于 2013-7-17 22:20:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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轨迹是有namd跑出来的,但是老师让我算结合自由能来比较三个小分子和蛋白的结合强弱。只会amber的mmpbsa,我看到vmd有个NAMDenergy的插件不知道大家有谁用过没,算的准吗?或者可不可以提供个可行的办法能够算出来。ps算不出来放假不能回家呀!{:soso_e109:}
发表于 2013-7-18 17:34:25 | 显示全部楼层

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namdenergy是算interaction energy的,不是算binding free energy的~~
发表于 2013-7-18 17:37:05 | 显示全部楼层
你可以用anteamber再建立一个top文件,其中只包括蛋白和小分子,然后用vmd extract出来蛋白和小分子轨迹,保存成amber的格式,然后就可以用amebr的mmpbsa算binding free energy了~~
 楼主| 发表于 2013-7-18 18:10:23 | 显示全部楼层

用antechamber?不是tleap吗,antechamber只处理过小分子,具体命令是啥呢
发表于 2014-8-26 13:56:43 | 显示全部楼层
应该是antemmpbsa.py
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