生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 3174|回复: 10

[提问] namd得到两个轨迹,如何进行去水并合并成一个轨迹

[复制链接]
发表于 2013-7-7 21:20:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x

1、namd模拟后得到两个轨迹,如何进行去水去离子并合并一个轨迹呢,脚本应该咋写,还是用啥插件?因为轨迹很大,只能在linux系统中实现,且没有图形界面。
2、如果成功去水,分析的时候pdb与dcd不对应了怎么办?

一直用amber,刚接触namd,望指教。谢谢大家!

 楼主| 发表于 2013-7-19 20:44:16 | 显示全部楼层
已经成功去水了,用amber实现的,直接用的是dcd和psf文件,可以实现。但是不能用mmpbsa计算结合自由能,受leos启发,如果用的是amber力场的话还有望实现,但是具体咋做的就不清楚了
发表于 2013-7-20 17:24:45 | 显示全部楼层
两个轨迹的合并,用tcl可以实现的啊,不过最简单的办法是把两个trajectory文件都load进来,然后直接选择要保存的部分,进行保存,就可以了啊~~
 楼主| 发表于 2013-7-22 16:08:55 | 显示全部楼层

leos大哥,tcl脚本用的不熟嘿嘿,vmd图形界面的话轨迹太大了
发表于 2013-7-23 05:19:08 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-7-22 16:08
leos大哥,tcl脚本用的不熟嘿嘿,vmd图形界面的话轨迹太大了

多大啊?
 楼主| 发表于 2013-7-23 08:52:56 | 显示全部楼层

180个氨基酸,200ns呵呵
发表于 2013-7-30 10:41:50 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-7-23 08:52
180个氨基酸,200ns呵呵

ambertools的ptraj可以,namd的catdcd也很好
发表于 2013-8-2 14:33:35 | 显示全部楼层
组合:
将eq01.dcd eq02.dcd eq03.dcd组合到 eq_all.dcd
命令:catdcd -o eq_all.dcd eq01.dcd eq02.dcd eq03.dcd
按时间顺序组合:
命令: catdcd -o output_filename.dcd 'ls -tr inputfile*.dcd'
  
出处 : http://blog.sina.com.cn/s/blog_9053c55a0101cerc.html

评分

参与人数 1金币 +10 收起 理由
大工-阿里巴巴 + 10 鼓励有效回复~

查看全部评分

发表于 2013-8-2 14:41:02 | 显示全部楼层
补充一下哈
DCD下载地址:http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
下载解压后选择合适的版本,将CATDCD放在bin目录下,或者直接将该文件拷贝到具体目录下使用
发表于 2013-11-3 21:05:13 | 显示全部楼层
try to use catdcd as discussed in the replies above:

catdcd -o a.trr -otype trr  a1.dcd a2.dcd a3.dcd ...

where ax.dcd files are in order of simulation time.

Then use trjconv from GROMACS to do the following:

trjconv -f a.trr -s a.pdb -o extracted.trr/xtc

where a.trr is what you got in the last step and a.db is the pdb file you used for your NAMD simulation. trjconv allows you to interactively select which part of system you want to extract.

To use extracted.trr/xtc, you need to do one extra step:

trjconv -f a.pdb -s a.pdb -o extracted.pdb

to generate the pdb file which, together with extracted.trr/xtc, can be loaded with VMD and many other analysis programs in GROMACS.
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-1-18 13:54 , Processed in 0.227796 second(s), 32 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表