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[AutoDock&Vina] vina虚拟筛选时小分子数据库如何准备

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发表于 2020-7-6 16:10:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近在学习vina虚拟筛选,学习过程中发现很多问题,还望大神们给予解答。
1.如何将SDF文件转化为3D的mol2或者pdbqt文件
2.小分子如何批量转化、加氢,电荷等
发表于 2020-7-27 09:49:01 | 显示全部楼层
1、SDF文件也有两种,一种是二维结构,一种是三维结构。如果你的是二维结构,需要用其他软件把二维结构转化为三维结构。
发表于 2020-7-27 09:52:03 | 显示全部楼层
2、vina一般需不要手动操作批量转化、加氢和电荷。建议可以使用PyRx去做可视化的虚拟筛选,具体使用请查询论坛。
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