autodock用蛋白的原配体对接蛋白，发现得分不高是怎么回事。

花生花灭 · 发表于 2018-11-9 20:03:11

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在rcsb蛋白数据库下的蛋白，把原配体抠掉，重新用原配体去对接，发现得分不高，是怎么回事，对接能只有-7.9。
求助。
！！！@川太狼

川大-灰太狼 · 发表于 2018-11-14 12:33:40

-7.9为什么叫得分不高呢？那何为得分高呢？

花生花灭 · 发表于 2018-11-14 15:36:27

川大-灰太狼发表于 2018-11-14 12:33
-7.9为什么叫得分不高呢？那何为得分高呢？

pdb 网站上面给出的ic50 在几 nmol ，我接上去autodock的ki只有1umol
，差很多

川大-灰太狼 · 发表于 2018-11-14 16:27:55

花生花灭发表于 2018-11-14 15:36
pdb 网站上面给出的ic50 在几 nmol ，我接上去autodock的ki只有1umol
，差很多

这是正常的。如果你要预测活性，那么可以用seesar软件。分子对接软件的ki计算本来就不准确。还不要说是IC50和Ki的比较，对于不同的分子作用机制，Ki和IC50可能是不相关的。

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