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[AutoDock&Vina] autodock用蛋白的原配体对接蛋白,发现得分不高是怎么回事。

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发表于 2018-11-9 20:03:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在rcsb蛋白数据库下的蛋白,把原配体抠掉,重新用原配体去对接,发现得分不高,是怎么回事,对接能只有-7.9。
求助。
!!!@川太狼
发表于 7 天前 | 显示全部楼层
-7.9为什么叫得分不高呢?那何为得分高呢?
 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-11-14 12:33
-7.9为什么叫得分不高呢?那何为得分高呢?

pdb 网站上面给出的ic50  在几 nmol  ,我接上去autodock的ki只有1umol
,差很多
发表于 7 天前 | 显示全部楼层
花生花灭 发表于 2018-11-14 15:36
pdb 网站上面给出的ic50  在几 nmol  ,我接上去autodock的ki只有1umol
,差很多

这是正常的。如果你要预测活性,那么可以用seesar软件。分子对接软件的ki计算本来就不准确。还不要说是IC50和Ki的比较,对于不同的分子作用机制,Ki和IC50可能是不相关的。
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