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[提问] 如何讲amber与gmx轨迹进行转换

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发表于 2012-12-23 14:33:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用amber跑的轨迹,但是在后处理阶段因为遇到好多问题比如说:hbond分析、contact map、二级结构含量变化等。而这些问题用gmx处理起来貌似比较容易的多。所以我有个想法:讲amber轨迹转换成gmx格式,然后用gmx软件进行更多的后处理。对于格式转化的问题,我不知道该怎么做,请大家帮忙想个办法。实在不行只有用师兄说的vmd试试了
发表于 2013-3-11 21:42:56 | 显示全部楼层
比较常用的转换VMD,catdcd,这个2个方法都不错!我个人建议用catdcd,因为不耗内存,VMD太耗内存了~~~~
发表于 2014-3-21 19:30:44 | 显示全部楼层
你好!请问一下你的catdcd在linux下安装成功了吗?我在官网上下载压缩包解压以后不能用啊,也不能编译,没有makefile这个文件。请指教一下怎么做?万分感谢!
 楼主| 发表于 2014-3-26 09:01:19 | 显示全部楼层

那会很多想法嘿嘿,不过没有实现,catdcd我们系统里就有我就直接用了。官网上的还不能 用呀,不会吧
 楼主| 发表于 2014-3-26 09:03:28 | 显示全部楼层
fenzimoni 发表于 2014-3-21 19:30
你好!请问一下你的catdcd在linux下安装成功了吗?我在官网上下载压缩包解压以后不能用啊,也不能编译,没 ...

vmd装的时候,不自带装catdcd吗
发表于 2016-12-18 19:50:49 | 显示全部楼层
请问用vmd怎么转换amber和gmx轨迹呢,有没有教程或者具体的操做步骤,谢谢!
发表于 2016-12-18 19:52:30 | 显示全部楼层
请问用vmd或者catdcd怎么转换amber和gmx轨迹呢,有没有教程或者具体的操做步骤,谢谢
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