显示配体的电子密度

一醉解清风

1.      进入http://eds.bmc.uu.se/eds/这个网址中（ElectronDensity server），输入所需要的PDB号（xxx.pdb），submitted，选择左侧download-Maps，弹出对话框后选择：Map format为CCP4。Type为2mFo-DFc，然后Generate map，下载完生成的压缩文件后解压，修改生成的文件名xxx.map.ccp4

2.      首先用pymol打开pdb文件，然后file-open xxx.map.ccp4文件。分别加载完xxx.pdb和xxx.map.ccp4后，依次点击xxx.map文件的Action-mesh-@level 1.0（2.0，3.0根据自己的需要进行选择）。

3.      select ligand, resn lig   #本例子中选择显示的是配体的电子密度(lig为配体名，本例中以lig代替)。

4.      isomesh map, xxx.map, 1.0, ligand, carve=1.6   (此时如果不出现电子密度，则需要修改右边显示，一般是隐藏了的缘故)

5.      此时配体的电子密度已经显示出来，剩下的只是修改受体的显示方式及整体的可视化效果，比如：

set mesh_radius, 0.01       #set radius to 0.01

color grey30, map            # sets map to 30% gray
bg_color white                 #sets background to white
set ray_trace_fog, 0         #turns off raytrace fog–optional
set depth_cue, 0              # turns off depth cueing–optional
set ray_shadows, off        #turns off ray-tracing shadows

大工-阿里巴巴

不错呀~哈哈

jianchen7882

{:soso_e163:}{:soso_e163:}{:soso_e164:}

puzhongji

做电子密度图的作用是什么？

fanc232

puzhongji 发表于 2015-1-8 10:59
做电子密度图的作用是什么？

看看电子云分布，估计一下哪里偏正电荷、哪里偏负电荷，来分析它和受体残基侧链的相互作用吧。话说您的积分已经达到199了，再有一份就晋升博士研究生了，羡慕啊！

fanc232

谢谢楼主！

关包子

今天，小试了一下，不错哈，蛮好玩的！

chaoyue

非常感谢你的分享，请问如何估计那部分偏正电荷，那部分偏负电荷呢？还有carve一定要是是1.6吗？

栀子花开

楼主，请问怎么能只显示配体的电子密度？我的把所有分子的电子密度都显示了。

栀子花开

楼主，请问怎么只显示配体的电子密度？我的把所有分子的电子密度都显示了。