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[其他] 显示配体的电子密度

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发表于 2015-1-7 21:01:25 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 一醉解清风 于 2015-1-7 21:05 编辑

1.      进入http://eds.bmc.uu.se/eds/这个网址中(ElectronDensity server),输入所需要的PDB号(xxx.pdb),submitted,选择左侧download-Maps,弹出对话框后选择:Map format为CCP4。Type为2mFo-DFc,然后Generate map,下载完生成的压缩文件后解压,修改生成的文件名xxx.map.ccp4
2.      首先用pymol打开pdb文件,然后file-open xxx.map.ccp4文件。分别加载完xxx.pdb和xxx.map.ccp4后,依次点击xxx.map文件的Action-mesh-@level 1.0(2.0,3.0根据自己的需要进行选择)。
3.      select ligand, resn lig   #本例子中选择显示的是配体的电子密度(lig为配体名,本例中以lig代替)。
4.      isomesh map, xxx.map, 1.0, ligand, carve=1.6   (此时如果不出现电子密度,则需要修改右边显示,一般是隐藏了的缘故)
5.      此时配体的电子密度已经显示出来,剩下的只是修改受体的显示方式及整体的可视化效果,比如:
set mesh_radius, 0.01       #set radius to 0.01
color grey30, map            # sets map to 30% gray
bg_color white                 #sets background to white
set ray_trace_fog, 0         #turns off raytrace fog–optional
set depth_cue, 0              # turns off depth cueing–optional
set ray_shadows, off        #turns off ray-tracing shadows

发表于 2015-1-7 21:13:03 | 显示全部楼层
不错呀~哈哈
发表于 2015-1-7 21:57:57 | 显示全部楼层
{:soso_e163:}{:soso_e163:}{:soso_e164:}
发表于 2015-1-8 10:59:43 | 显示全部楼层
做电子密度图的作用是什么?
发表于 2015-1-9 09:50:03 | 显示全部楼层
puzhongji 发表于 2015-1-8 10:59
做电子密度图的作用是什么?

看看电子云分布,估计一下哪里偏正电荷、哪里偏负电荷,来分析它和受体残基侧链的相互作用吧。话说您的积分已经达到199了,再有一份就晋升博士研究生了,羡慕啊!
发表于 2015-1-24 15:03:02 | 显示全部楼层
今天,小试了一下,不错哈,蛮好玩的!
发表于 2015-8-1 22:21:13 | 显示全部楼层
非常感谢你的分享,请问如何估计那部分偏正电荷,那部分偏负电荷呢?还有carve一定要是是1.6吗?
发表于 2015-8-31 16:27:14 | 显示全部楼层
楼主,请问怎么能只显示配体的电子密度?我的把所有分子的电子密度都显示了。
发表于 2015-8-31 16:28:44 | 显示全部楼层
楼主,请问怎么只显示配体的电子密度?我的把所有分子的电子密度都显示了。
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