生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

楼主: cedarice

[原创] 利用autodock(Vina)做虚拟筛选的教程

  [复制链接]
发表于 2014-8-16 09:57:09 | 显示全部楼层
我试了下,执行prepare_ligand.csh这个脚本的时候,出现了下面错误:应该是没有读取小分子吧,网上查了下,没查到解决办法,你们有没有遇到过
$csh ./prepare_ligand.csh

setting PYTHONHOME environment
Traceback (most recent call last):
  File "../script/prepare_ligand4.py", line 150, in <module>
    mols = Read(ligand_filename)
  File "/home/keke/Desktop/MGLTools-1.5.4/MGLToolsPckgs/MolKit/__init__.py", line 21, in Read
    raise AssertionError , "%s does't exist" %filename
AssertionError: “”.mol2 does't exist
发表于 2014-10-20 20:12:55 | 显示全部楼层
师兄,用vina在Linux做虚拟筛选的时候按这个来怎么出现 vina:not found
在docking文件夹中,将receptor.pdbqt文件复制到 docking文件夹中。并按上一步在docking文件中构建conf.txt文件。然后打开终端,输入下面命令将小分子的pdbqt文件链接到docking文件夹中。
###########
$ ln -s ../ligand/*.pdbqt ./
##########
然后运行script文件夹中的vina_screen_local.sh脚本
##########
$ sh ../script/vina_screen_local.sh
发表于 2014-10-22 14:26:06 | 显示全部楼层
正需要,能否说明需要配置的软件环境
是否需要去掉H键,配体什么的,说明一下?
发表于 2015-3-18 15:20:47 | 显示全部楼层
非常感谢,雪中送炭
发表于 2015-5-25 18:20:42 | 显示全部楼层
谢谢,最近正好需要。
发表于 2015-5-25 20:43:35 | 显示全部楼层
学习一下 谢谢楼主
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-1-18 22:02 , Processed in 0.203944 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表