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[原创] 利用autodock(Vina)做虚拟筛选的教程

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发表于 2014-1-4 09:37:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,我是一个刚刚接触AutoDock和Vina的新手,在参考官方教程和BioMS中的教程后,把我的第一个虚拟筛选工作做完了。作为2014年的第一帖,我将自己整理的中文教程和相关脚本分享给大家,希望对大家有所帮助。由于水平有限,里面有可能会有错误,请大家指正。
Tutorial AutoDock for Virtual Screening.zip (22.62 KB, 下载次数: 1637, 售价: 1 金币)

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大工-阿里巴巴 + 20 支持原创~cedarice同学加油!

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发表于 2016-1-22 19:33:06 | 显示全部楼层
楼主,我想问下,我的蛋白没有原配体,但是在文献中查到一些抑制剂与该蛋白的几个氨基酸相关,我该怎样对接?是否处理蛋白后,直接用vina对接?
发表于 2014-10-20 20:12:55 | 显示全部楼层
师兄,用vina在Linux做虚拟筛选的时候按这个来怎么出现 vina:not found
在docking文件夹中,将receptor.pdbqt文件复制到 docking文件夹中。并按上一步在docking文件中构建conf.txt文件。然后打开终端,输入下面命令将小分子的pdbqt文件链接到docking文件夹中。
###########
$ ln -s ../ligand/*.pdbqt ./
##########
然后运行script文件夹中的vina_screen_local.sh脚本
##########
$ sh ../script/vina_screen_local.sh
发表于 2014-1-4 10:16:41 | 显示全部楼层
找这个找了好久了啊
发表于 2014-1-4 11:00:30 | 显示全部楼层
学习了一下,写得不错。谢谢cedarice
发表于 2014-1-4 13:02:48 | 显示全部楼层
疯狂下载各种资料中。。。慢慢学。顶顶顶
发表于 2014-1-4 15:44:50 | 显示全部楼层
谢谢大神分享~~~
发表于 2014-1-4 19:11:51 | 显示全部楼层
非常支持原创教程,更加鼓励分享和讨论的精神!
发表于 2014-1-6 12:44:31 | 显示全部楼层
多谢分享~~~
发表于 2014-1-12 16:35:53 | 显示全部楼层
感谢分享
发表于 2014-1-19 14:58:35 | 显示全部楼层
楼主,你的docx怎么都是乱码
发表于 2014-1-22 16:48:09 | 显示全部楼层
谢谢分享
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